In-feed administered sub-therapeutic chlortetracycline alters community composition and structure but not the abundance of community resistance determinants in the fecal flora of the rat

Nous avons étudié les effets de l’administration continue de doses subthérapeutiques de chlortétracycline sur la structure et la composition de la communauté bactérienne des excréments du rat ainsi que sur l’abondance des gènes de résistance aux tétracyclines dans cette communauté. Les rats ont reçu une ration standard contenant de la chlortétracycline à raison de 15 mg g 1 d’aliments pendant 28 jours, puis à raison de 30 mg g 1 d’aliments jusqu’à la fin de l’étude, soit au jour 56. Ces concentrations sont semblables à celles administrées aux porcs durant la phase d’engraissement. Les doses subthérapeutiques de chlortétracycline ont eu une incidence sur la communauté bactérienne fécale à en juger par le changement observé dans la communauté anaérobie cultivable et par les résultats d’analyses moléculaires, dont les profils des régions variables 2 et 3 du gène de l’ARNr 16S, obtenus par électrophorèse en gradient de gel dénaturant ainsi que par l’analyse comparative de la séquence des gènes de l’ARNr 16S de la banque de gènes de la communauté bactérienne. Nous avons observé d’importantes baisses du nombre de phylotypes fécaux différents en réponse à l’administration de doses subthérapeutiques de chlortétracycline, même si l’excrétion bactérienne totale est demeurée constante tout au long de l’étude. L’administration de chlortétracycline à 15 mg g 1 d’aliments a entraîné un changement significatif dans la composition de la communauté bactérienne fécale, mais uniquement un changement mineur de sa structure en ce qui a trait à la distribution des divers phylotypes des grandes lignées de bactéries fécales. L’administration de chlortétracycline à 30 mg g 1 d’aliments a modifié de façon significative la distribution des phylotypes des grandes lignées de bactéries fécales de sorte que les phylotypes Gram négatif alignés avec les séquences du phylum Bacteroidetes sont devenus la lignée dominante (> 60 % de la communauté totale). Alors que la chlortétracycline a eu des effets sur la structure et la composition de la communauté bactérienne fécale, elle n’a eu aucun effet significatif sur l’abondance des gènes de résistance aux tétracyclines (tetQ, tetW, eteO) présents dans la communauté ou sur l’émergence d’un nouveau gène de résistance putatif aux tétracyclines identifié au sein de la communauté bactérienne fécale. Même si l’administration de chlortétracycline à des doses subthérapeutiques exerce une pression de sélection suffisante pour modifier de façon significative la communauté fécale, l’effet le plus important semble être la formation d’une communauté ayant une tolérance inhérente plus grande à des concentrations subthérapeutiques de chlortétracycline plutôt qu’une prolifération des bactéries résistantes aux tétracyclines déjà présentes dans la communauté.