Expression QTL mapping in grapevine-Revisiting the genetic determinism of grape skin colour

La cartographie de locus quantitatifs d’expression (eQTL) a été proposée comme approche valable pour analyser le fondement génétique de la variabilité des transcrits, une des principales causes de la variation phénotypique naturelle. Or, peu de travaux de cartographie d’eQTL ont porté sur des espèces ligneuses, dont les échantillons présentent des problèmes d’homogénéisation. En nous fondant sur les connaissances existantes sur la formation de la couleur du raisin, nous avons effectué une cartographie d’eQTL dans le cadre d’essais au champ de vignes, en appliquant des critères d’échantillonnage adéquats. Nous avons mesuré le taux de transcription du gène VvUFGT, qui code une enzyme jouant un rôle clé dans la synthèse des anthocyanes, en soumettant à une qRT-PCR en temps réel des raisins de 191 sujets pseudo‑F1 issus d’un croisement entre les cépages Syrah et Grenache. Nous avons ainsi repéré deux eQTL, dont un cis-eQTL (colocalisé avec le gène VvUFGT) expliquant 20 % de la variance génotypique et principalement lié au contraste allélique existant chez le Grenache et un trans-eQTL expliquant 35 % de la variance génotypique et lié au contraste allélique existant chez la Syrah; ce trans-eQTL était colocalisé avec des facteurs de transcription VvMYBA dont on sait qu’ils activent l’expression du gène VvUFGT. La présente étude a permis d’évaluer et de valider la possibilité d’utiliser la cartographie d’eQTL dans les recherches sur la vigne et propose de nouvelles perspectives et de nouvelles hypothèses sur la formation de la couleur de la peau du raisin.