Expressed sequence tags from Phytophthora sojae reveal genes specific to development and infection

Six banques uniques d’étiquettes de séquences exprimées (EST) ont été obtenues à partir de Phytophthora sojae P6497 à quatre stades de son développement. De l’ARN a été extrait de mycéliums, de zoospores nageurs, de cystes en germination et de tissus de soja (Glycine max (L.) Merr.) du Cv Harosoy infectés par une grande quantité de P. sojae. Trois banques ont été créées à partir de mycéliums poussant sur un milieu défini, un milieu complexe et un milieu limité en nutriments. Les 26 943 séquences de qualité obtenues étaient groupées en 7 863 unigènes composés de 2 845 contigs et 5 018 singletons. Le nombre total d’unigènes de P. sojae qui s’appariaient aux séquences dans l’ensemble génomique était de 7 412 (94 %). Parmi ces unigènes, 7 088 (90 %) s’appariaient aux modèles de gènes prédits à partir de l’ensemble des séquences de P. sojae, mais seulement 2 047 (26 %) s’appariaient aux modèles géniques de P. ramorum. L’analyse de la fréquence des EST dans différentes conditions de croissance et des différentes étapes morphologiques a révélé la présence de gènes qui étaient spécifiques de conditions de croissance et de stades de développement particuliers ou étaient fortement représentés dans ces conditions et stades. En outre, nos résultats indiquent que durant l’infection, le pathogène tire la majeure partie de son carbone et de son énergie de la glycolyse des sucres dans la plante. Au nombre des séquences susceptibles de jouer un rôle dans la pathogenèse figuraient les homologues de gènes d’avirulence possédant le motif RxLR, les élicitines et les enzymes hydrolytiques. Cette vaste collection d’EST de P. sojae constituera une ressource génomique publique précieuse.