Étude cytogénétique comparative de 17 espèces d’Avena au moyen de l’hybridation in situ en fluorescence des sondes oligonucléotidiques Am1 et (GAA)6
Citation
Luo, X., Tinker, N.A., Zhou, Y., Liu, J., Wan, W., Chen, L. (2018). A comparative cytogenetic study of 17 Avena species using Am1 and (GAA)6 oligonucleotide FISH probes. Acta Physiologiae Plantarum, [online] 40(8), http://dx.doi.org/10.1007/s11738-018-2721-9
Résumé en langage clair
Nous avons utilisé une méthode d’hybridation in situ en fluorescence (FISH) pour marquer les chromosomes ou les parties de chromosomes d’avoine qui contiennent certaines séquences d’ADN répété. Cette procédure visait à nous permettre d’observer et de caractériser les chromosomes au microscope. Nous avons ainsi observé les chromosomes de 17 espèces d’avoine sauvages et cultivées afin de déterminer les relations évolutives à l’origine de la structure des génomes. Notre étude est la première à vérifier la présence de deux répétitions particulières et ouvre la voie à de futures études de caractérisation de la structure physique et génétique des chromosomes d’avoine.
Résumé
© Franciszek Górski Institute of Plant Physiology, Polish Academy of Sciences, Cracovie, 2018. Nous avons utilisé l’hybridation in situ en fluorescence (FISH) des sondes oligonucléotidiques Am1 (oligo Am1) et (GAA)6 pour étudier les relations génomiques entre 17 espèces d’Avena. La sonde oligo Am1 (51 pb) s’est fortement hybridée sur presque toute la longueur de tous les chromosomes du génome C. Nous avons trouvé six translocations entre les génomes A et C des tétraploïdes AACC et des hexaploïdes AACCDD, quatre translocations mineures entre les génomes C et D des hexaploïdes AACCDD et deux translocations importantes entre les génomes C et D de l’A. sativa. Chez les 17 espèces d’Avena, les régions (GAA)6 apparaissent principalement comme de minces bandes nettes à des positions péricentromériques dans les génomes A, B et C et aux extrémités des chromosomes dans le génome B. Par contre, nous n’avons observé aucun locus présentant le signal (GAA)6 dans le génome D. Le nombre de signaux (GAA)6 était constant chez les diploïdes AA et CC, mais leur intensité variait. La répartition des signaux (GAA)6 variait chez les polyploïdes AABB, AACC et AACCDD, chaque espèce présentant une répartition des signaux particulière. Le nombre de signaux (GAA)6 était constant chez les diploïdes et variait chez les polyploïdes, ce qui décrit une relation intragénomique entre les espèces d’Avena. Notre étude est la première à chercher ces deux oligonucléotides, qui sont des unités de répétition synthétisées (18 51 bp), chez le genre Avena. Notre méthode ouvre la voie à de futures études utilisant des sondes d’hybridation in situ en fluorescence pour localiser sur les chromosomes d’autres séquences d’oligonucléotides caractéristiques.