Distributions chromosomiques d’oligo Am1 et du trinucléotide (TTG)6 et leur utilisation dans les analyses d’associations génomiques chez seize espèces du genre Avena
Citation
Luo, X., Tinker, N.A., Zhou, Y., Liu, J., Wan, W., Chen, L. (2018). Chromosomal distributions of oligo-Am1 and (TTG)6 trinucleotide and their utilization in genome association analysis of sixteen Avena species. Genetic Resources and Crop Evolution, [online] 65(6), 1625-1635. http://dx.doi.org/10.1007/s10722-018-0639-0
Résumé en langage clair
Nous avons utilisé des sondes fluorescentes pour déterminer chez l’avoine la position chromosomique de certaines séquences répétées d’ADN. Nous avons ainsi pu montrer que ces séquences étaient situées dans des régions particulières de chromosomes spécifiques d’origine ancestrale différente. Ces résultats fournissent des informations clés qui peuvent être utiles pour déterminer la position physique de séquences génomiques sur les chromosomes, et ils faciliteront l’interprétation de futures études phylogéniques.
Résumé
ABSTRACT (FR)
© Springer Science+Business Media B.V., faisant partie de Springer Nature, 2018. L’hybridation in situ en fluorescence (FISH) a été employée pour étudier l’emplacement physique d’oligo Am1 et de répétitions des trinucléotides (TTG)6 dans les chromosomes métaphasiques de sept espèces diploïdes (génomes AA ou CC), de sept espèces tétraploïdes (génomes AABB ou AACC) et de deux espèces hexaploïdes (génomes AACCDD) du genre Avena. La sonde oligo Am1 a produit des signaux particulièrement enrichis sur la quasi totalité des chromosomes du génome C, alors que la sonde (TTG)6 était située dans les régions péricentromériques (M) et, parfois, dans leurs régions chromosomiques télomériques (T), mais a montré peu d’appariement avec le génome C. Toutes les espèces possédaient des locus (TTG)6 dans les régions M, et les espèces CC, AABB et AACCDD possédaient également des locus (TTG)6 dans les régions T. Le nombre de signaux (TTG)6 est constant chez les espèces AA et CC, bien que leur intensité diffère légèrement, alors que la configuration des signaux (TTG)6 présente une grande diversité chez les espèces AABB, AACC et AACCDD. Les résultats d’hybridation des sondes fournissent des informations clés qui peuvent être employées pour déterminer la position physique de séquences génomiques sur les chromosomes.