Comparison of five rep-PCR genomic fingerprinting methods for differentiation of fecal Escherichia coli from humans, poultry and wild birds

La mise au point d’une méthode permettant de déterminer l’origine de la pollution fécale est importante, que ce soit pour déterminer le degré de risque pour la santé publique ou pour élaborer des stratégies visant à atténuer la charge environnementale de pathogènes associés à la transmission de maladies d’origine hydrique. Cinq méthodes de détermination des empreintes génomiques de type rep PCR, comme la rep PCR, l’ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus)-PCR, l’ERIC2-PCR, la BOX-PCR et la (GTG)₅-PCR, ont fait l’objet d’une évaluation visant à déterminer leur capacité à distinguer 232 isolats fécaux d’Escherichia coli provenant d’humains, de volailles (poulet, canard et dindon) et d’oiseaux sauvages (bernache du Canada et goéland). À artir des résultats d’une analyse par regroupements et d’une analyse discriminante, la (GTG)₅-PCR s’est révélée la méthode la mieux adaptée au typage de E. coli, suivie de la BOX-PCR, de la REP-PCR, de l’ERIC-PCR et de l’ERIC2-PCR. Une analyse discriminante des empreintes obtenues par (GTG)₅-PCR a montré que 94,1 %, 79,8 %, 80,5 %, 74,4 %, 86,7 % et 88,6 % des isolats de E. coli provenant respectivement du dindon, du poulet, du canard, de la bernache du Canada, du goéland et de l’humain ont été classés dans le bon groupe hôte. Par la suite, on a vérifié que la (GTG)₅-PCR pouvait retracer l’origine de 113 isolats environnementaux de E. coli provenant d’eau d’étang naturel. En conclusion, la méthode (GTG)₅-PCR de détermination des empreintes génomiques peut être considérée comme un outil génotypique prometteur dans le cadre de la surveillance épidémiologique de la pollution fécale dans les milieux aquatiques.