Associations of marker panel scores with feed intake and efficiency traits in beef cattle using preselected single nucleotide polymorphisms

Étant donné que la consommation alimentaire est modérément héréditaire chez les bovins de boucherie et que la collecte de données sur ce paramètre est coûteuse, il serait plus fructueux de faire une sélection effective en fonction de la consommation alimentaire résiduelle en estimant exactement la valeur génétique de ce caractère par une évaluation assistée par marqueur. Dans les travaux présentés ici, nous avons pré-sélectionné un ensemble de marqueurs génétiques prédictifs de la consommation alimentaire résiduelle, de la consommation alimentaire quotidienne et du gain pondéral quotidien moyen par l’analyse de régression de chaque marqueur et nous avons approfondi l’analyse des 100 premiers polymorphismes mononucléotidiques (SNP) pour élaborer des équations prédictives des caractères. Nous avons utilisé pour ce faire les données recueillies sur 728 bouvillons de boucherie nés au printemps et issus du croisement d’une lignée maternelle composite avec des taureaux Angus, Charolais ou hybrides de l’Université e l’Alberta. Les données sur la consommation alimentaire ont été recueillies pendant une période de 5 années, 2 groupes d’animaux (automne-hiver et hiver-printemps) étant soumis aux essais alimentaires chaque année. Pour les données d’apprentissage et de validation, nous avons constitué 2 ensembles avec nos données en séparant celles-ci au hasard d’après la famille du père pour former un ensemble d’apprentissage et un ensemble de test (première séparation) avec 5 répétitions, ou en retenant tous les animaux sans relations généalogiques connues pour former un ensemble de validation (deuxième séparation). En tout, nous avons analysé 37 959 SNP par régression simple, et seuls les 100 premiers correspondant à une valeur de P < 0,002 ont été retenus. Ces 100 SNP ont été analysés par la méthode de régression aléatoire BLUP, et seuls ceux qui étaient conjointement significatifs (P < 0,05) ont été retenus dans les jeux de marqueurs définitifs. Les effets des marqueurs des jeux sélectionnés ont servi à déterminer la valeur génétique moléculaire par le calcul de la somme pondérée du nombre de copies de l’allèle le plus fréquent de chacun des loci de SNP, les facteurs de pondération étant les effets de substitution allélique. La corrélation entre la valeur génétique moléculaire et le phénotype représentait l’exactitude de la prédiction. Pour tous les caractères évalués, l’exactitude pour l’ensemble des races était faible, sa valeur allant de 0,007 à 0,414. L’exactitude des données de la deuxième séparation était la moins élevée, les individus de l’ensemble de validation n’ayant pas de relations généalogiques avec les animaux de l’ensemble d’apprentissage. Étant donné la faible aptitude prédictive observée, il se pourrait qu’un grand nombre d’individus soit nécessaire pour faire des prédictions avec une population mélangée comme celle de nos travaux. De plus, nos résultats semblent indiquer que la composition raciale de la population cible pour laquelle les jeux de marqueurs sont susceptibles d’être utilisés devrait être un facteur important à considérer dans l’élaboration d’équations prédictives applicables à plusieurs races, surtout lorsque les données d’apprentissage portent sur une population mélangée.