Analysis of genetic diversity in barley cultivars reveals incongruence between S-SAP, SNP and pedigree data

Il est important de bien évaluer la similarité génétique pour la sélection et l’amélioration des plantes ainsi que pour la conservation des ressources génétiques végétales. Nous avons procédé à une analyse comparative de la diversité génomique dans un groupe de cultivars d’orge de printemps à six rangs (Hordeum vulgare L.) au moyen de la technique S-SAP (polymorphisme d’amplification de séquence spécifique) et des SNP (polymorphisme d’un seul nucléotide). Les résultats ont été comparés aux coefficients de parenté calculés avec les données généalogiques. Les valeurs moyennes de similarité génétique (SG) des cultivars appariés ont été évaluées à 0,0957 ± 0,144 (parenté), 0,491 ± 0,189 (SNP) et 0,602 ± 0,098 (S-SAP). Les valeurs de SG obtenues à l’aide du S-SAP et des SNP présentaient une distribution normale, contrairement aux valeurs obtenues avec les coefficients de parenté, qui présentaient une distribution asymétrique, non normale. La corrélation des valeurs de SG des paires était plus faible pour les matrices S-SAP et SNP (r = 0,040; p < 0,230) et plus élevée pour les matrices SNP et données généalogiques (r = 0,240; p < 0,001). Selon l’analyse de la variance moléculaire, environ 90,4 % de la variation observée proviendrait des cultivars dans chacun des groupes d’orge de brasserie et d’orge destinée à l’alimentation des animaux. La variance entre les groupes d’orge de brasserie et d’alimentation était de 6,6 % tant pour les données de SNP et que pour les données de S-SAP, laissant supposer qu’il n’y a pas de différence génétique significative entre les groupes de cette division agronomique. Les 3 % de variation restants ont été attribués à la diversité génétique des cultivars. Même si les deux systèmes de marqueurs à base d’ADN permettaient de distinguer tous les cultivars d’orge, des différences significatives ont été observées dans le profil des relations génétiques obtenu avec les deux systèmes de marqueurs et les données généalogiques.