Virus d’origine hydrique et coliphages Fspécifiques dans les bassins hydrographiques à usage mixte : associations microbiennes, spécificités de l’hôte et affinités avec les facteurs liés à l’environnement et à l’utilisation des terres
Citation
Jones, T.H., Brassard, J., Topp, E., Wilkes, G., Lapen, D.R. (2017). Waterborne viruses and F-specific coliphages in mixed-use watersheds: Microbial associations, host specificities, and affinities with environmental/land use factors. Applied and Environmental Microbiology, [online] 83(3), http://dx.doi.org/10.1128/AEM.02763-16
Résumé en langage clair
La présente étude est l’une des premières à évaluer la prévalence des virus entériques et les associations de virus avec les coliphages F dans des eaux de surface du Canada à usage mixte, mais principalement agricole. Cette étude donne à penser qu’il existe des relations entre les coliphages F viables et les virus détectés au moyen de méthodes moléculaires, mais qu’elles ne sont pas toujours positives. Il faut faire preuve de prudence si l’on veut utiliser des coliphages F viables comme indicateurs de la présence de virus dans les eaux de surface, surtout si les virus sont détectés par des méthodes moléculaires. Cette étude élucide le rôle relatif de l’agriculture, de la faune et de l’activité humaine sur la présence de virus et de coliphages F. Les attributs saisonniers et météorologiques jouent un rôle important dans la présence de la plupart des virus et des coliphages F cibles.
Résumé
© 2017 American Society for Microbiology. Tous droits réservés. De 2008 à 2014, un total de 1 155 échantillons d’eau ont été prélevés (du printemps à l’automne) de 24 sites d’échantillonnage d’eaux de surface situés dans un bassin hydrographique à usage mixte, mais principalement agricole (production de bovins laitiers) de l’est de l’Ontario, au Canada. Nous avons analysé l’eau pour vérifier la présence de coliphages à ADN Fspécifiques (ADNF) et à ARN Fspécifiques (ARNF) viables (génogroupe I [GI] à GIV) et d’une série de virus détectés par des méthodes moléculaires (norovirus [GI à GIV], virus torque teno [TTV], rotavirus, kobuvirus, adénovirus, astrovirus, virus de l’hépatite A et virus de l’hépatite E). Des coliphages à ADNF et à ARNF ont été détectés dans 33 et 28 % des échantillons à des concentrations maximales de 2 000 et de 16 300 UFP 100 ml1, respectivement. Les virus les plus répandus étaient le TTV animal, le TTV humain, le kobuvirus, l’astrovirus et le norovirus GIII et ont été détectés dans 23, 20, 13, 12 et 11 % des échantillons, respectivement. Le coliphage à ADNF viable s’est révélé un indicateur positif modeste du TTV détecté au moyen d’une méthode moléculaire. Le coliphage à ARNF, à la différence du coliphage à ADNF, a été un prédicteur positif modeste du norovirus et du rotavirus. Il y a eu toutefois un certain nombre d’associations négatives importantes parmi les coliphages Fspécifiques et les virus. Des densités de coliphages à ADNF supérieures à 142 UFP 100 ml1 ont défini des conditions lorsqu’environ 95 % des échantillons d’eau contenaient un certain type de virus. Le kobuvirus était le virus le plus étroitement lié à la détection de tout autre virus. L’utilisation des terres présentait certaines associations avec la détection de virus/coliphages Fspécifiques, mais la saison et le débit des eaux de surface étaient les variables les plus importantes pour définir globalement la détection. Des taux relatifs plus élevés de détection des virus humains et des coliphages à ARNF humains ont été associés à des degrés relatifs plus élevés de développement des terres par les humains en amont dans un bassin.