The use of bovine serum albumin to improve the RT-qPCR detection of foodborne viruses rinsed from vegetable surfaces

Objectifs : Démontrer que l’eau de rinçage des légumes frais utilisée pour la détection par RT-qPCR de virus d’origine alimentaire peut causer une inhibition importante de la PCR et proposer un moyen de réduire son impact sur la sensibilité de l’épreuve.
Méthode et résultats : Nous montrons, ici, que le rinçage des épinards et de la laitue précoupée et la concentration des résidus de l’eau de rinçage peuvent générer des fragments d’ARN qui inhibent les témoins des tests de trousses commerciales de RT-qPCR pour la détection des norovirus GII (NoV GII), des virus des hépatites A (HAV) et E (HEV), des rotavirus (RV) et du calicivirus félin (FCV). Nous montrons également que l’ajout d’albumine bovine (BSA) aux réactions de RT-qPCR a permis, dans tous les cas, de restaurer le signal positif. L’effet du BSA était fonction de la combinaison amorce/sonde. De plus, l’ajout de BSA a considérablement amélioré deux des systèmes de détection (FCV et HAV), et ce, même en l’absence d’inhibiteurs de la PCR.
Conclusions : Le BSA a permis de restaurer des signaux positifs dans cinq systèmes de RT-qPCR qui étaient complètement inhibés par les résidus présents dans l’eau de rinçage. On propose par ailleurs de considérer ajouter du BSA aux réactions de RT-qPCR pour la détection des virus d’origine alimentaire quand on constate qu’il y a inhibition.
Signification et impact de l’étude : Cette étude montre clairement la puissance des inhibiteurs de PCR produits au cours des étapes habituelles de concentration des virus provenant de légumes frais et révèle que l’ajout de BSA aux réactions de RT-qPCR permet d’atténuer cette inhibition. Bien que le BSA soit utilisé dans de nombreuses autres méthodes, son ajout aux réactions de PCR n’est pas pratique courante.