The underestimated diversity of phytoplasmas in Latin America

Les phytoplasmes (‘Candidatus Phytoplasma’ spp.) sont des bactéries phytopathogènes sans paroi cellulaire qui sont transmises par des insectes et causent des maladies chez des cultures d’importance économique. Comme les phytoplasmes sont difficiles ou impossibles à cultiver in vitro, sur le plan taxinomique, ils sont classés selon la convention utilisée pour les microorganismes non cultivables. Le premier système cohérent de classification des phytoplasmes, basé sur le profil RFLP du gène codant l’ARNr 16S obtenu avec dix-sept endonucléases de restriction, a été mis à jour plusieurs fois jusqu’à l’élaboration du iPhyClassifier. Ce dernier est un outil interactif en ligne capable de déterminer l’espèce, le groupe et le sous-groupe de ‘Candidatus Phytoplasma’ à partir de la séquence F2nR2 16S d’un échantillon. En Amérique latine, où la production alimentaire est importante, il y a une incidence élevée de maladies des plantes causées par des phytoplasmes, dont une grande partie n’est pas adéquatement classifiée. Une revue de littérature approfondie et l’utilisation du iPhyClassifier nous ont permis d’identifier six nouveaux sous-groupes 16SrI provisoires, six 16SrII, un 16SrIII, un 16SrVII, un 16SrIX, un 16SrXII, deux 16SrXIII et deux nouveaux groupes provisoires (16SrXXXIII-A et 16SrXXXIV-A) parmi les souches latino-américaines qui avaient été mal classifiées ou qui n’avaient pas encore été classifiées.