Two thousand–year reconstruction of livestock production intensity in France using sediment-archived fecal Bacteroidales and source-specific mitochondrial markers

La reconstitution des activités antérieures de pâturage fondée sur des méthodes microscopiques (pollen et ascospores de champignons coprophiles) ne permet pas d’identifier de manière fiable les espèces domestiques ayant participé à ces activités. En revanche, des marqueurs d’ADN de source spécifique, couramment employés pour le traçage des sources microbiennes dans le cadre d’études sur la qualité des eaux, pourraient s’avérer un outil prometteur pour l’identification rétrospective de contaminants fécaux spécifiques dans les dépôts de sédiments. Dans cette étude, nous avons utilisé des méthodes moléculaires pour quantifier les Bacteroidales et identifier l’ADN mitochondrial ovin et bovin extrait de carottes de sédiments qui provenaient de deux dépressions forestières comprenant 2000 ans de dépôts sédimentaires. Tout au long de la chronoséquence végétale du sédiment, l’abondance des marqueurs d’ADN contrastait avec celle des ascospores et des pollens spécifiques. La distribution des marqueurs d’ADN et les marqueurs microscopiques révèlent un changement de l’utilisation des terres à partir du second âge du fer et de l’Antiquité classique jusqu’à la fin de la période romaine et l’époque moderne : une transition des terres de culture et de pâturages vers des paysages forestiers. Au cours du second âge du fer et de l’Antiquité classique, les dépressions forestières servaient sans doute à abreuver les troupeaux, alors que vers la fin de l’Antiquité, la faible abondance de Bacteroidales et la présence sporadique de marqueurs d’ADN bovin et ovin confirment le boisement graduel mis en évidence par les données sur le pollen. Quant à la fin de la période romaine et à l’époque moderne, les régions reboisées sont caractérisées par l’absence de marqueurs d’ADN bovin et ovin, et la faible abondance de Bacteroidales semble indiquer la présence d’herbivores sauvages. Notre étude montre que l’emploi conjugué des méthodes microscopiques et de l’ADN mitochondrial et bactérien spécifique de matières fécales conservé dans les sédiments est très utile pour reconstituer les pratiques agricoles sur des millénaires.