Traitement antibiotique des bovins en parc d’engraissement : Étude longitudinale de l’effet de l’oxytétracycline et de la tulathromycine sur le microbiote fécal et nasopharyngien

© Le(s) auteur(s), 2019. Contexte : En Amérique du Nord, les bovins de boucherie reçoivent souvent une injection d’antibiotiques après leur arrivée en parc d’engraissement afin de lutter contre le complexe respiratoire bovin. L’effet collatéral potentiel de ce traitement antibiotique sur le microbiome bovin est largement inconnu. Nous avons donc voulu déterminer l’effet longitudinal de deux antibiotiques vétérinaires couramment administrés, l’oxytétracycline et la tulathromycine, sur le microbiote fécal et nasopharyngien (NP) des bovins de boucherie transportés dans un parc d’engraissement. Nous rapportons également l’effet de ces antibiotiques sur plusieurs déterminants de la résistance aux antibiotiques dans le microbiome fécal et nasopharyngien. Résultats : La perturbation par l’oxytétracycline et la tulathromycine du microbiote fécal et NP des bovins était maximale aux jours 2 et 5. Bien que le microbiote NP des bovins traités à la tulathromycine se soit rétabli au jour 12, celui du groupe traité à l’oxytétracycline est resté changé jusqu’au jour 34. Dans l’ensemble, le microbiote NP semblait plus sensible au traitement antibiotique que le microbiote fécal. Les membres de la famille bactérienne des Microbacteriaceae du microbiote NP ont été plus affectés par l’administration d’antibiotiques. Les deux antibiotiques ont protégé contre Pasteurella spp. dans le nasopharynx aux jours 2 et 5. Malgré des régimes alimentaires très similaires aux deux endroits, le plus grand changement dans le microbiote fécal et NP s’est produit après le transport au parc d’engraissement (p < 0,05). Les déterminants de la résistance aux antibiotiques dans le microbiome NP ont également été plus fortement touchés par le traitement antibiotique que ceux du microbiome fécal. L’oxytétracycline a augmenté la proportion de erm(X), sul2, tet(H), tet(M) et tet(W) dans les échantillons NP et de tet(M) et tet(W) dans les échantillons fécaux, au jour 12 (p < 0,05). L’effet de la tulathromycine sur l’abondance relative des gènes de résistance dans le microbiome du NP était le plus important au jour 34, où erm(X), sul2 et tet(M) étaient enrichis (p < 0,05). Conclusions : L’administration d’une seule injection d’oxytétracycline et de tulathromycine a entraîné des changements significatifs dans le microbiote NP et le microbiote fécal au cours des cinq premiers jours suivant le traitement. Le traitement aux antibiotiques a également augmenté l’abondance relative de plusieurs déterminants de la résistance aux antibiotiques dans le microbiome fécal et NP au jour 12 ou 34.