Taxogénomique et systématique du genre Pantoea

© 2019 Sa Majesté la Reine du chef du Canada, représentée par la ministre de l’Agriculture et de l’Agroalimentaire du Canada. Les membres du genre Pantoea sont des bactéries à Gram négatif isolées de divers environnements. L’affiliation taxonomique fondée sur l’analyse de séquences multilocus (MLSA) est couramment utilisée pour inférer avec exactitude la phylogénie et l’identification des espèces et des genres bactériens. Nous avons extrait les séquences partielles de cinq gènes ménagers (fusA, gyrB, leuS, rpoB et pyrG) de 206 génomes provisoires ou complets de souches de Pantoea accessibles au public dans des bases de données, puis nous les avons confrontées aux séquences représentatives des 25 souches de type Pantoea validement publiées afin de vérifier et d'évaluer leurs assignations phylogénétiques. Sur un total de 159 souches classées au niveau de l’espèce, 11,3 % des souches non types ont été classées par erreur parmi les espèces de Pantoea. La proportion la plus élevée de souches mal identifiées a été enregistrée chez Pantoea vagans, 8 des 15 (53,3 %) assignations inexactes au niveau de l’espèce. Une des raisons probables de cette classification incorrecte pourrait être la méthode utilisée auparavant pour l’identification des souches. Quarante-sept séquences du génome (22,8 %) provenaient de souches identifiées au niveau du genre seulement (Pantoea sp.). Une combinaison de données MLSA, d’identités nucléotidiques moyennes [ANI et MuMmer-based ANI (ANIm)], de données sur le profil d’utilisation des tétranucléotides (TETRA) et d’hybridation ADN-ADN basée sur le génome (gDDH) a été utilisée pour attribuer avec exactitude 25 des 47 souches à des espèces de Pantoea validement publiées, tandis que 17 souches ont pu être classées comme nouvelles espèces putatives du genre Pantoea. Quatre génomes désignés comme Pantoea sp. ont été identifiés comme étant des Mixta calida. Nous avons calculé des coefficients de corrélation positifs et significatifs entre la MLSA et tous les indices dérivés des séquences du génome entier proposées pour la délimitation des espèces. La gDDH présentait la meilleure corrélation avec la MLSA, tandis que la pire a été observée avec la TETRA. L’identification exacte jusqu'au niveau de l’espèce est essentielle à une meilleure compréhension de la diversité et de l’évolution des bactéries. Le schéma MLSA utilisé ici pourrait aider à déterminer le statut taxonomique correct des nouvelles souches de Pantoea dont le génome entier a été séquencé, en particulier les souches non types, avant leur dépôt dans les bases de données publiques.