Tag-encoded pyrosequencing analysis of the effects of fungicide application and plant genotype on rhizobacterial communities

Citation

Yang, C., Hamel, C., Gan, Y.T., et Vujanovic, V. (2012). « Tag-encoded pyrosequencing analysis of the effects of fungicide application and plant genotype on rhizobacterial communities. », Applied Soil Ecology, 60, p. 92-97. doi : 10.1016/j.apsoil.2012.03.010

Résumé

L’application de fongicides sur les grandes cultures peut avoir des effets inattendus sur des éléments non ciblés de l’agroécosystème. Pour analyser les effets de quatre programmes d’application foliaire de fongicides, nous avons séquencé les communautés rhizobactériennes associées à deux cultivars de pois chiche, pendant deux années, en employant la technologie de pyroséquençage d’amplicons 454 GS FLX. Les traitements fongicides ont modifié la composition des communautés rhizobactériennes, sans toutefois diminuer leur richesse. Des analyses de correspondances ont révélé que les effets des divers traitements sur ces communautés variaient selon le cultivar utilisé. Ces effets ont été particulièrement prononcés au cours de l’été 2009, durant lequel la richesse des communautés rhizobactériennes avait été réduite par la sécheresse. L’incidence du génotype de pois chiche sur les effets des traitements fongicides semble indiquer que ces traitements ont un impact indirect lié au métabolisme secondaire de la plante. Par ailleurs, comme nous avons détecté des résidus de boscalide dans la rhizosphère, il semble que ce fongicide a également un effet direct. Nous en concluons que l’application foliaire de fongicides influe sur la composition des communautés rhizobactériennes et que cet effet peut être modifié par le génotype de la plante et par les conditions environnementales.

Date de publication

2012-09-01

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