Survey of Canadian retail pork chops and pork livers for detection of hepatitis E virus, norovirus, and rotavirus using real time RT-PCR

Depuis une quinzaine d’années, on se demande si le virus de l’hépatite E (VHE), des norovirus (NoV), et des rotavirus (RV) pourraient être zoonotiques, et si les porcins, notamment le porc, pourraient être des sources d’infection pour l’humain. Nos travaux visaient à estimer la prévalence et la charge virale du VHE, des NoV et des RV dans le foie et les côtelettes de porcs vendus au détail au Canada.
Nous avons profité de la plateforme d’échantillonnage du Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) pour recueillir 283 foies de porc et 599 côtelettes. En mettant en commun les ressources de quatre laboratoires partenaires du gouvernement fédéral, nous avons extrait les acides nucléiques des échantillons et les avons analysés à la recherche des trois types de virus à l’aide de méthodes validées de qRT-PCR. La charge virale, en nombre de copies de génome/g, a été estimée par une deuxième qRT-PCR, laquelle a été suivie de RT-PCR classiques nichées, après quoi une partie du gène ORF2 des isolats a été séquencée. Les alignements locaux ont été faits avec le logiciel MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation), et nous avons construit un arbre phylogénétique.
Vingt-cinq foies et six côtelettes se sont révélés « positifs » (ARN vital [Ct] détecté dans les deux répétions de l’épreuve) ou « suspects » (ARN vital [Ct] détecté dans une des deux répétions de l’épreuve) pour le VHE. La deuxième qRT-PCR a révélé la présence du VHE dans 16 foies, 0 côtelette, et la RT-PCR classique nichée, dans 14 foies et 0 côtelette. Selon la qRT-PCR initiale, 12 côtelettes étaient « suspectes » pour les NoV. La deuxième qRT-PCR n’a révélé la présence d’ARN viral que dans un échantillon, pour lequel le cycle seuil était supérieur à 40 dans les deux répétitions, mais aucun amplicon n’a été produit et aucun isolat n’a donc été séquencé pour cet échantillon. Une partie du gène ORF2 a été séquencée pour 14 isolats de VHE, et les séquences ont été comparées (identité de séquences) avec des isolats de cas humains figurant dans la base NCBI-GenBank, puis l’analyse phylogénétique a été faite. Dans l’ensemble, la prévalence du VHE dans le porc vendu au détail était comparable à celle indiquée dans les autres rapports publiés.