Stratégies actuelles d’assemblage des séquences du génome des plantes polyploïdes
Citation
Kyriakidou, M., Tai, H.H., Anglin, N.L., Ellis, D., Strömvik, M.V. (2018). Current strategies of polyploid plant genome sequence assembly, 871 http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2018.01660
Résumé en langage clair
L’ensemble de l’ADN et des gènes d’un organisme s’appelle le génome. La plupart des organismes vivants transportent de l’ADN hérité de leurs deux parents et, par conséquent, possèdent deux génomes. Certains organismes en possèdent plus de deux. Ces organismes sont dits polyploïdes. De nombreuses cultures importantes, comme le blé et la pomme de terre, sont polyploïdes. Pour améliorer les cultures, il est très utile de savoir quelles différences dans la séquence d’ADN déterminent les caractères bénéfiques des plantes cultivées. Il est difficile d’obtenir la séquence d’ADN de chacun des génomes des polyploïdes, car tous les génomes sont mélangés lorsque l’ADN est isolé. Des méthodes spéciales sont nécessaires pour élucider les données sur la séquence d’ADN et reconstituer le casse-tête. Cet article passe en revue les plus récentes approches et technologies de séquençage du génome polyploïdien.
Résumé
© 2018 Kyriakidou, Tai, Anglin, Ellis et Strömvik. La polyploïdie ou la duplication d’un génome entier se produit chez la majorité des angiospermes. La compréhension des génomes polyploïdes est importante pour l’amélioration de ces cultures, dont les humains dépendent pour leur subsistance et leur nutrition de base. Comme les changements climatiques continuent de constituer une menace pour la production agricole, il y aura de plus en plus de demandes pour des cultivars de plantes capables de résister aux stress biotiques et abiotiques et de fournir une nutrition améliorée. Au cours de la dernière décennie, le séquençage de nouvelle génération (SNG) a fondamentalement changé le paysage de la génomique en fournissant des outils pour l’exploration des génomes polyploïdes. Dans le présent article, nous passons en revue les défis posés par l’assemblage de génomes végétaux polyploïdes et présentons les progrès récents des ressources génomiques et des outils fonctionnels en génétique moléculaire et en sélection. Comme les génomes d’espèces diploïdes et de progéniteurs moins hétérozygotes sont de plus en plus disponibles, nous discutons du manque de complexité des génomes de référence actuellement disponibles en ce qui concerne les cultures polyploïdes. Enfin, nous passons en revue les récentes approches d’haplotypage par phasage et l’impact des technologies de troisième génération sur l’assemblage du génome des plantes polyploïdes.