SSR-based linkage map of flax (Linum usitatissimum L.) and mapping of QTLs underlying fatty acid composition traits

Citation

Cloutier, S., Ragupathy, R., Niu, Z., et Duguid, S.D. (2011). « SSR-based linkage map of flax (Linum usitatissimum L.) and mapping of QTLs underlying fatty acid composition traits. », Molecular Breeding, 28(4), p. 437-451. doi : 10.1007/s11032-010-9494-1

Résumé en langage clair

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Résumé

Les graines de lin (Linum usitatissimum{/i]L.) contiennent près de 50 % d’huile, laquelle est riche en acide linolénique (un acide gras oméga 3). Dans la présente étude, nous avons construit une carte de liaison basée sur 114 marqueurs SSR (séquences microsatellites) représentant des séquences ciblées et exprimées et sur cinq marqueurs du polymorphisme mononucléotidique, sur cinq gènes (fad2A, fad2B, fad3A, fad3B et dgat1) et sur un caractère phénotypique (couleur du tégument de la graine) d’une population dihaploïde (DH) de 78 sujets obtenue à partir d’un croisement entre SP2047 (une lignée SolinMC à graines jaunes contenant 2-4 % d’acide linolénique) et UGG5-5 (une lignée de lin à graines brunes contenant 63-66 % d’acide linolénique).Cette carte renferme 24 groupes de liaison avec 113 marqueurs couvrant environ 833,8 cM. L’analyse des locus à caractère quantitatif (QTL) a permis de déceler deux QTL importants pour l’acide linoléique (LIO, QLio.crc LG7, QLio.crc LG16), l’acide linolénique (LIN, QLin.crc LG7, QLin.crc LG16) et l’indice d’iode (IOD, QIod.crc LG7, QIod.crc LG16), et un QTL important pour l’acide palmitique (PAL, QPal.crc LG9). L’allèle mutant de fad3A, cartographié sur le segment chromosomique transmis par le parent SP2047 et portant le QTL du groupe de liaison 7 était positivement associé à la teneur élevée en LIO, mais négativement associé à la respectivement environ 34, 25 et 29 % de la variation phénotypique observée chez cette population DH pour ces trois caractères. Le QTL situé sur le groupe de liaison 16 expliquait respectivement environ 20, 25 et 13 % de la variation phénotypique de ces mêmes caractères. Dans le cas de l’acide palmitique, le QTL Qpal.crc LG9 représentait environ 42 % de la variation phénotypique. Cette première carte de liaison du lin basée sur des marqueurs SSR sera utile pour cartographier d’autres marqueurs, gènes et caractères dans le cadre des travaux de clonage positionnel et de sélection assistée par marqueurs.