Simple sequence repeats and diversity of globally distributed populations of Pyrenophora tritici-repentis

La diversité génétique et la parenté chez Pyrenophora tritici-repentis, agent causal de la tache helminthosporienne du blé, ont été étudiées à partir d’une collection de 80 isolats de différentes provenances géographiques, représentant 8 races de l’agent pathogène. Trente-et-un marqueurs microsatellites ont été conçus à partir du génome de P. tritici-repentis, qui ont amplifié 31 locus différents dans les isolats testés. Les données ont été étudiées par : (i) analyse de Nei de la diversité et de la distance génétiques; (ii) analyse de la variance moléculaire (AMOVA); et (iii) méthode de groupement de paires non pondérées avec moyennes arithmétiques (UPGMA). Une différenciation génétique significative (ΦPT = 0,153, P ≤ 0.001) a été détectée chez les populations, les isolats d’origines différentes affichant des taux similaires de diversité génétique. L’analyse de Nei de la distance génétique a révélé que les isolats de P. tritici-repentis peuvent être regroupés en 4 populations distinctes, selon leur région d’origine. L’AMOVA a montré que les isolats canadiens affichent moins de 9 % de dissimilitude génétique par rapport aux isolats provenant du Caucase, tandis qu’ils en affichent jusqu’à 32 % par rapport à ceux du Croissant fertile. Les isolats ont également été comparés en fonction de la race, de la distance génétique et de l’analyse typologique basée sur la fréquence allélique dans la population. Les isolats non producteurs de Ptr ToxA se sont regroupés, mais étaient vaguement apparentés aux isolats producteurs de Ptr ToxA, ce qui suggère que la spécificité d’hôte imposée par différentes toxines Ptr pourrait induire la différenciation chez des isolats de P. tritici-repentis.