Sequence analysis of CRISPR arrays of Erwinia amylovora isolates from Canada.

Les séquences répétées de type CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) représentent un nouvel aspect des systèmes de défense des bactéries qui permettent à ces hôtes d’acquérir une résistance ou l’immunité contre des bactériophages et des plasmides. Les CRISPR bactériens sont des sites comprenant de courtes répétitions directes, séparées par des séquences dites « espaceurs ». La séquence des espaceurs peut correspondre à une séquence du génome d’un bactériopage ou à une séquence de plasmide. Dans le système CRISPR, les espaceurs servent à reconnaître et à neutraliser (par silençage) les bacttériophages ou autres éléments génétiques exogènes qui s’introduisent dans la bactérie. Dans cette étude, nous avons séquencé des séquences CRISPR d’un réseau de séquences d’isolats particuliers d’Erwinia amylovora provenant de différentes régions du Canada et nous avons vérifié si certaines séquences de bactériophages pourraient se retrouver dans les espaceurs. Environ 92 % des espaceurs ne présentent pas d’homologie significative avec les séquences des bactériophages ou des plasmides répertoriées dans la banque du NCBI. Aucun espaceur ne correspondait aux séquences connues des bactériophages d’E. amylovora des familles de Myoviridae et de Podoviridae. Nous avons examiné la capacité d’E. amylovora d’acquérir de nouveaux espaceurs de réseaux CRISPR après l’infection phagique. Nous avons examiné 25 mutants insensibles aux bactériophages, isolés après l’infection, pour voir si leur résistance aux bactériophages était due à l’acquisition d’espaceurs. Aucun changement (insertion ou délétion) n’a été détecté dans les réseaux de CRISPR de ces isolats, ce qui semble indiquer que ces mutants sont devenus résistants aux bactériophages par l’intermédiaire d’un mécanisme de résistance non identifié qui ne repose pas sur le système CRISPR.