Sélection à l’échelle du transcriptome d’un ensemble fiable de gènes de référence pour l’étude de l’expression génique chez les nématodes à kyste de la pomme de terre (globodera spp.)

© 2018 Sabeh et al. Il s’agit d’un article en libre accès distribué selon les termes de la licence d’attribution de Creative Commons, qui permet une utilisation, une distribution et une reproduction sans restriction sur n’importe quel support, à condition que l’auteur original et la source soient mentionnés. L’analyse de l’expression relative des gènes par qRT-PCR (quantitative reverse transcription PCR) nécessite un témoin interne pour normaliser les données d’expression des gènes d’intérêt et éliminer la variation indésirable introduite par la préparation des échantillons. Un gène de référence parfait doit avoir un niveau d’expression constant dans toutes les conditions expérimentales. Toutefois, les mêmes quelques gènes de ménage sélectionnés dans les publications scientifiques ou utilisés avec succès dans des expériences antérieures non reliées sont souvent employés de façon routinière dans de nouvelles conditions sans que leur stabilité soit validée. L’avènement de l’ARN-Seq et la disponibilité d’ensembles de données publiques sur de nombreux organismes ouvrent la voie à la recherche de meilleurs gènes de référence pour les études d’expression. Globodera rostochiensis est un nématode phytoparasite qui limite plus particulièrement le rendement de la pomme de terre. Notre étude visait à rechercher un ensemble fiable de gènes de référence pour l’étude de l’expression des gènes de G. rostochiensis. Les niveaux d’expression génique provenant d’une base de données obtenues par séquençage de l’ARN ont servi à recenser des gènes de référence possibles par analyse qRT-PCR. Trois gènes, GR, PMP-3 et aaRS, se sont révélés très stables dans les conditions expérimentales de cette étude et sont proposés comme gènes de référence pour les travaux futurs.