Rumen microbial community composition varies with diet and host, but a core microbiome is found across a wide geographical range

Les ruminants d’élevage sont une source importante d’aliments de consommation humaine, ainsi que d’émissions de gaz à effet de serre à l’échelle mondiale. Chez les ruminants, la dégradation des aliments et la formation de méthane reposent sur les interactions métaboliques entre les microorganismes du rumen, et elles ont un effet sur la productivité des bêtes. Nous avons défini la composition de la communauté microbienne du rumen et de l’intestin antérieur des camélidés en analysant 742 échantillons provenant de 32 espèces de 35 pays afin d’estimer l’influence du régime alimentaire, de l’espèce hôte et de la géographie sur cette composition. Des communautés de bactéries et d’archées similaires dominaient dans presque tous les échantillons, tandis que les communautés de protozoaires étaient plus variables. Les bactéries dominantes sont mal caractérisées, mais les archées méthanogènes sont mieux connues et sont très conservées partout dans le monde. Cette universalité et cette diversité limitée pourraient rendre possible l’atténuation des émissions de méthane par l’élaboration de stratégies visant les quelques méthanogènes dominants. Nous attribuons surtout à l’alimentation les différences dans la composition des communautés microbiennes, l’hôte étant un facteur moins influent. Nous avons relevé quelques modèles de forte cooccurrence entre les microorganismes, ce qui laisse croire que les principales interactions métaboliques sont non sélectives plutôt que spécifiques.