Résistance à l’acide lactique et structure de la population d’Escherichia coli dans l’environnement de transformation de la viande

Afin d’explorer l’effet de la transformation du bœuf sur la résistance à l’acide lactique des populations d’Escherichia coli, cette étude a examiné les liens entre la réponse aux acides, la structure phylogénétique, la diversité génomique et les génotypes associés à la résistance aux acides des E. coli présents dans les usines de transformation de la viande. Les isolats génériques d’E. coli (n = 700) provenaient de carcasses, d’équipement de fabrication et de produits du bœuf. Un traitement à l’acide a été effectué dans du milieu Luria-Bertani contenant 5,5 % d’acide lactique (pH de 2,9). Les réductions logarithmiques d’E. coli variaient de < 0,5 à > 5 log UFC/mL (médiane : 1,37 log). Aucune différence de résistance à l’acide lactique n’a été observée entre les populations d’E. coli récupérées avant et après une étape de transformation ou des interventions antimicrobiennes. Les E. coli des carcasses préintervention étaient légèrement plus résistants que ceux isolés à partir d’équipement, la différence étant inférieure à 0,5 unité logarithmique. Les E. coli résistants à l’acide (réduction de < 1 log, n = 45) présentaient une prévalence plus élevée de gènes liés au métabolisme de l’énergie (ydj, xap, Ato) et au stress oxydatif (fec, ymjC) que les E. coli moins résistants (réduction de > 1 log, n = 133). Les opérons ydj et ato étaient abondants dans les bactéries E. coli provenant des carcasses préintervention. En revanche, les gènes fec étaient abondants chez les E. coli provenant de surfaces d’équipement. Les E. coli préintervention contenaient les phylogroupes A et B1 dans des proportions relativement égales. Le phylogroupe B1 était prédominant (95 %) dans la population provenant de l’équipement. Il convient de noter que les E. coli prélevés après l’assainissement partageaient les antigènes de l’O8 ou du H21. De plus, la diversité du génome diminuait après la réfrigération et l’assainissement de l’équipement. Dans l’ensemble, la transformation du bœuf n’a pas sélectionné les E. coli résistants à l’acide lactique, mais a façonné la structure de la population.
IMPORTANCE Les interventions antimicrobiennes réduisent considérablement les charges microbiennes sur les carcasses et les produits de viande; cependant, l’utilisation généralisée de biocides chimiques et physiques soulève des préoccupations quant à leur potentiel de sélection de populations résistantes dans l’environnement de transformation du bœuf. Le phénotypage de la résistance aux acides et l’analyse du génome entier décrits dans cette étude ont démontré que les pratiques de transformation du bœuf ont mené à des différences de résistance aux acides, de génotype et de structure de la population entre les bactéries E. coli associées aux carcasses et celles associées à l’équipement, mais n’ont pas sélectionné la population résistante aux acides. Les résultats indiquent que les gènes codant pour le métabolisme des acides sucrés à chaîne longue (ydj) et des acides gras à chaîne courte (ato) étaient plus prévalents chez les E. coli associés aux carcasses que chez ceux associés à l’équipement. Ces résultats portent à croire que les carcasses et les surfaces d’équipement sont exposées à différentes pressions de sélection. Les résultats aident à mieux comprendre l’écologie microbienne d’E. coli dans les environnements de transformation des aliments et en général.