Répartition et abondance d’Aphanomyces euteiches dans les sols agricoles : effet du type d’utilisation des terres, des propriétés du sol et des pratiques de gestion des cultures

Citation

Karppinen, E.M., Payment, J., Chatterton, S., Bainard, J.D., Hubbard, M., Gan, Y., Bainard, L.D. (2020). Distribution and abundance of Aphanomyces euteiches in agricultural soils: effect of land use type, soil properties, and crop management practices. Applied Soil Ecology, [online] 150 http://dx.doi.org/10.1016/j.apsoil.2019.103470

Résumé en langage clair

Aphanomyces euteiches est un pathogène transmis par le sol qui cause la pourriture des racines dans des cultures de légumineuses importantes sur le plan agronomique comme les pois et les lentilles de grande culture. Le pathogène du sol n’a été signalé dans l’Ouest canadien qu’en 2012. Cependant, A. euteiches a une répartition mondiale, et sa présence avait été décrite dans des régions très proches de l’Ouest canadien. Dans le cadre de la présente étude, nous avons effectué un relevé à grande échelle dans les principales régions agricoles et les principaux types de sols de la Saskatchewan, y compris des parcours naturels n’ayant jamais été défrichés, afin de mieux comprendre la répartition et l’abondance d’A. euteiches. Malgré sa récente découverte en Saskatchewan, l’étude dont fait état le présent article a démontré qu’A. euteiches était répandu dans toute la province, quels que soient l’utilisation des terres et les types de sols, ce qui va dans le sens de l’hypothèse selon laquelle A. euteiches était présent avant sa découverte en 2012. De plus, la détection fréquente d’A. euteiches dans le sol des parcours naturels indique qu’il s’agit probablement d’un organisme indigène dans la région. La multiplication des cultures de pois et de lentilles ainsi que des précipitations supérieures à la moyenne dans la région ont probablement accru les concentrations d’inoculum dans les sols cultivés au cours de l’année. Dans l’ensemble, cette étude met en évidence le fait que les problèmes de pourriture des racines des légumineuses persisteront ou s’étendront à l’avenir en raison de la vaste répartition de ce pathogène dans les régions agricoles de la Saskatchewan.

Résumé

© 2019. Aphanomyces euteiches est un pathogène transmis par le sol qui cause la pourriture des racines chez les légumineuses sensibles. Bien que largement répandu au Canada, A. euteiches n’a été signalé en Saskatchewan qu’en 2012. La répartition de ce pathogène dans les Prairies canadiennes n’est pas connue, et on ne sait pas exactement s’il est originaire de la région. L’objectif de cette étude était de mener un relevé d’A. euteiches dans les principaux sols agricoles de la Saskatchewan, au Canada, afin de déterminer sa répartition et d’évaluer l’importance relative des facteurs liés à sa répartition et à sa propagation possible dans la province. Des échantillons de sol ont été prélevés dans des champs de lentilles et de pois et dans les fossés en bordure de route longeant ces champs, ainsi que dans des parcours naturels et cultivés. Nous avons analysé des échantillons de sol par qPCR (réaction en chaîne par polymérase quantitative) pour détecter et quantifier la présence d’A. euteiches. De plus, nous avons évalué la gravité de la pourriture chez les plants de pois et de lentilles atteints et nous avons mesuré les propriétés physiques et chimiques des sols. A. euteiches était présent dans tous les types d’utilisation des terres (c.-à-d. cultures annuelles, fossés en bordure de route et parcours) en Saskatchewan. L’abondance d’A. euteiches était particulièrement élevée dans les échantillons prélevés dans les champs cultivés chaque année. Dans les terres cultivées annuellement, l’abondance d’A. euteiches était plus élevée dans les champs de pois que dans les champs de lentilles. L’humidité du sol, le carbone total, le carbone organique et l’azote total présentaient une corrélation positive avec l’abondance d’A. euteiches dans les sols des champs et des bords de routes. D’après ce relevé, A. euteiches est largement répandu dans toutes les grandes régions agricoles de la Saskatchewan et ne se limite pas à des types de sol ou d’utilisation des terres précis. La fréquence de détection d’A. euteiches dans les parcours naturels indique qu’il est probablement originaire de la Saskatchewan. La relation significative entre l’abondance des gènes d’A. euteiches et la gravité de la maladie dans les champs de pois indique que la qPCR pourrait servir utilement à prédire le potentiel de certains sols agricoles de causer une pourriture des racines par A. euteiches dans les cultures de pois.