Régulation de l’expression génique dans les réactions incompatibles ou compatibles entre des isolats de rouille jaune de l’Ouest canadien et le blé

Nous avons évalué à l’échelle du transcriptome l’interaction de deux isolats de Puccinia striiformis f.sp. tritici (Pst) de l’Ouest canadien, soit le LSW3_2012_SP2 et le SWS484_SPF, avec des hôtes résistants et sensibles. Le nombre de lectures nettes d’extrémités appariées obtenues par séquençage Illumina des tissus auxquels un des deux isolats avait été inoculé dans les réactions compatible et incompatible a varié de 78 M à 184 M. Pour valider les transcrits du Pst participant au processus d’infection, nous avons obtenu plus de 2,9 M de lectures à partir de l’ARN intact isolé à partir d’haustoriums formés dans du blé infecté par le LSW3. La cartographie des lectures par rapport aux transcrits de l’isolat de référence PST-78 montre que 54 % des lectures y correspondaient dans la réaction compatible, contre seulement 0,5 % dans la réaction incompatible. La proportion des lectures correspondant aux transcriptomes du blé était de 28 % pour la réaction compatible et de 86 % pour la réaction incompatible. Ces résultats montrent une importante différence dans la régulation des gènes tant chez le champignon pathogène que chez le blé hôte. Nous avons caractérisé les gènes différentiellement exprimés entre la réaction compatible et la réaction incompatible en les annotant et en les décrivant selon la classification Gene Ontology. Nous présentons une liste des effecteurs potentiels présents dans des tissus enrichis en haustoriums de LSW3 et dans des tissus foliaires infectés. Comme nous avons utilisé les technologies Illumina (séquençage d’extrémités appariées) et PacBio afin d’obtenir de plus grands contigs et scaffolds pour les deux isolats de Pst, nous avons cartographié les effecteurs présumés sur les scaffolds. Nous présentons ces résultats pour identifier les séquences participant à ces réactions.