Réduction du nombre de contigs dans l’assemblage génomique de l’isolat SWS484 du Puccinia striiformis f. sp. tritici

Causée par le Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), la rouille jaune occasionne d’importantes pertes de rendement et de qualité des lignées de blé qui y sont sensibles partout au monde. Depuis 2000, de nouveaux isolats très virulents sont apparus, contre lesquels il y a peu de résistance de l’hôte. Il s’agit d’une grave menace pour la production de blé en Amérique du Nord et ailleurs au monde. Le génome du Pst a une taille d’environ 117 Mb. Nous avons effectué du séquençage Illumina d’extrémités appariées et de paires appariées et des analyses PacBio pour caractériser l’isolat SWS484. L’an dernier, nous avons constitué sur Pacbio un assemblage génomique de 15 289 contigs avec une couverture de 56x la taille du génome. La hausse de cette couverture à 85x a réduit le nombre de contigs par un facteur de 8,5 à 1 808. Comme prévu, ce nouvel assemblage a amélioré les statistiques N25, N50, N75 et N90. Le fait que les nucléotides inconnus N ont tous été identifiés a considérablement rehaussé la qualité de l’assemblage. La taille des séquences assemblées a diminué de 23 % à 129 707 087 bp, valeur qui se rapproche davantage de la taille estimée du génome. Notre nouvel assemblage de contigs de l’isolat SWS484 semble complet et représentatif des génomes d’autres isolats de Pst, puisque les transcrits de l’isolat de référence Pst78 correspondaient à tous les contigs du génome sauf six.