Qualitative detection of class IIa bacteriocinogenic lactic acid bacteria from traditional Chinese fermented food using a YGNGV-motif-based assay

Avec ces travaux nous avons mis au point une épreuve basée sur la présence du motif YGNGV. Compte tenu de la demande croissante d’agents de conservation naturels, nous avons voulu obtenir des bactéries lactiques produisant des bactériocines contre des bactéries à Gram positif et à Gram négatif. Nous avons isolé 123 souches de bactéries lactiques de 5 types d’aliments chinois traditionnels fermentés et avons vérifié, parmi celles-ci, la production de bactériocines avec la méthode de diffusion en gélose. Puis, pour déterminer les souches qui produisaient des bactériocines de classe IIa, nous avons utilisé une méthode basée sur la présence du motif YGNGV, avec 14 amorces dégénérées correspondant à tous les gènes codant des bactériocines de classe IIa dont la séquence a été versée dans la base du NCBI. La diffusion en gélose a permis d’identifier huit souches de bactéries lactiques qui pouvaient inhiber des bactéries à Gram positif et des bactéries à Gram négatif. Parmi celles-ci, cinq ont réagi de manière positive au test de détection de l’amplicon YGNGV. Chez deux des cinq souches, Y31 et Y33, les amplicons correspondaient à des gènes de bactériocines de classe IIa. La souche Y31 est celle qui présentait la plus forte inhibition et le plus d’homologie avec un gène de bactériocine de classe IIa de la base du NCBI : elle a été identifiée comme une souche d’Enterococcus faecium. La bactériocine produite par cette souche est identique à l’entérocine P. Les deux souches, Y31 et Y33, produisent des bactériocines à forte activité contre Listeria monocytogenes, Escherichia coli et Bacillus subtilis. Il s’agit donc de souches présentant un intérêt comme agents de conservation biologiques potentiels pour l’industrie alimentaire. Ces résultats montrent également que l’épreuve basée sur la présence du motif YGNGV utilisée dans cette étude permet d’identifier rapidement de nouvelles bactéries lactiques productrices de bactériocines de classe IIa, sans qu’il soit nécessaire de passer par les nombreuses étapes de séparation et de purification, longues et laborieuses.