Pyrosequencing reveals profiles of soil bacterial communities after 12 years of conservation management on irrigated crop rotations

© 2017. La pomme de terre et la betterave à sucre, qui sont beaucoup cultivées dans le sud de l'Alberta, peuvent dégrader la qualité du sol parce qu'elles retournent peu de carbone au sol, et les méthodes utilisées pour les récolter déstructurent le sol, augmentant ainsi le risque d'érosion. Pour éviter ces effets nuisibles, nous avons procédé à une étude de 12 ans pour évaluer des systèmes de gestion de conservation des sols (CONS) dans des rotations de pommes de terre, de betteraves à sucre, de haricots secs et de blé. Les systèmes que nous avons évalués comprenaient l'ajout de compost de fumier de parc d'engraissement, un travail réduit du sol, différentes rotations de cultures ainsi que l'utilisation de cultures de couverture, des éléments qui ont été appliqués à des rotations sur 3 à 5 ans. Les systèmes étudiés ont été comparés aux systèmes de gestion traditionnels (TRAD) qui ne comprenaient aucun des éléments des systèmes de CONS. Au cours de la dernière année de l'étude, nous avons utilisé le pyroséquençage pour déterminer les différences dans le profil des communautés bactériennes du sol des deux systèmes de gestion (CONS et TRAD) dans la rhizosphère du blé et le sol en vrac. Treize phylums ont été observés, les plus abondants étant les protéobactéries (39,6 %), les actinobactéries (19,1 %) et les acidobactéries (14,9 %). L’ α-diversité bactérienne du sol a augmenté avec les systèmes de CONS par rapport aux systèmes TRAD. Cependant, si l'abondance relative des Bacteroidetes et des Firmicutes était plus élevée dans les systèmes de CONS que dans les systèmes TRAD, l’inverse a été observé avec les Acidobacteria et les Gemmatimonadetes. Les protéobactéries étaient également plus abondantes dans les systèmes de gestion de CONS que dans les systèmes TRAD, mais seulement dans le sol en vrac. La structure des communautés bactériennes correspondait aux différences dans l’abondance relative des différents types de bactéries. Et ces différences concordaient avec la classification écologique des bactéries du sol comme copiotrophes ou oligotrophes. Par conséquent, les systèmes de gestion de CONS ont modifié le profil des communautés bactériennes du sol et augmenté la productivité du sol.