A pyrosequencing-based method to quantify genetic substitutions associated with resistance to succinate dehydrogenase inhibitor fungicides in Botrytis spp. populations

Contexte. Les mécanismes génétiques sous-jacents à la résistance dans les populations du champignon phytopathogène Botrytis cinerea sont bien connus. En effet, plusieurs substitutions génétiques associées à une résistance aux fongicides basée sur l’inhibition de la succinate déshydrogénase ont été identifiées dans le gène codant cette enzyme. Nos travaux visaient à mettre au point un outil moléculaire pour quantifier, de manière fiable, ces substitutions dans des populations de Botrytis. Nous avons mis au point un test pour détecter et quantifier cinq substitutions génétiques associées à la résistance par ’inhibition de la succinate déshydrogénase.
Résultats. La technique est basée sur le séquençage par synthèse et elle a produit des données quantitatives fiables avec une limite de quantification d’au moins 500 spores. Il y avait une corrélation linéaire entre les pourcentages connus et estimés de spores portant les substitutions génétiques ciblées et les souches sauvages dans des rapports de 0–100 %, avec des paliers d’augmentation de 20 %.
Conclusion. Le test de pyroséquençage mis au point dans cette étude permet de caractériser un grand nombre d’individus de Botrytis spp. dans de bons délais, et de manière plus fiable qu’avec les méthodes habituellement utilisées. Par conséquent, les méthodes fondées sur le pyroséquençage sont utiles pour améliorer notre compréhension de la résistance aux fongicides, détecter de nouvelles substitutions génétiques, surveiller les changements dans les populations fongiques et évaluer l’efficacité des stratégies de lutte contre la résistance aux fongicides et la surveillance de celle-ci.