Pseudomonas canadensis sp. nov., agent de régulation biologique isolé dans une parcelle cultivée avec fertilisation minérale à long terme.
Citation
James T. Tambong, Renlin Xu et Eden Bromfield (2016) Pseudomonas canadensis sp. nov., a biological control agent isolated from a field plot under long-term mineral fertilization. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology doi:10.1099/ijsem.0.001698.
Résumé en langage clair
Une souche bactérienne 2-92T utilisée dans une parcelle cultivée avec fertilisation minérale à long terme (>40 ans) inhibait la croissance d’un pathogène fongique des plantes. Les tentatives de caractérisation bactérienne n’ont pas permis de la relier à des espèces connues de Pseudomonas. On a procédé à une analyse détaillée avec des données génomiques, biochimiques et physiologiques et des résultats au microscope électronique. Toutes ces analyses ont confirmé que cette bactérie est une espèce nouvelle à laquelle on a attribué la désignation Pseudomonas canadensis (pour marquer son origine canadienne). La température de croissance optimale de la souche 2-92T est de 30 °C.
Résumé
La souche bactérienne 2-92T isolée dans un champ cultivé avec fertilisation minérale à long terme (>40 ans) a présenté in vitro des propriétés de lutte contre les pathogènes fongiques. Les chercheurs ont employé une technique polyphasique pour vérifier son appartenance taxinomique. La souche 2-92T est Gram négative, aérobie, non sporulante, motile à un ou plusieurs flagelles et positive à l’oxydase, à la catalase et à l’uréase. La température de croissance optimale est de 30 °C. Une analyse de séquençage de l’ARN ribosomique 16S a démontré que la souche est liée aux espèces formant le genre Pseudomonas. L’analyse phylogénétique de six gènes ménagers (dnaA, gyrB, recA, recF, rpoB et rpoD) a révélé que la souche 2-92T constituait une lignée distincte et bien séparée avec le P. simiae comme espèce la plus apparentée. La composition en acides gras et en lipides polaires a confirmé la place taxinomique de cette souche dans le genre Pseudomonas. On pourrait se reporter aux caractéristiques phénotypiques de l’analyse des profils d’utilisation de sources de carbone pour différencier la souche 2-92T d’espèces étroitement apparentées de Pseudomonas.