Profilage métabolique des champignons pathogènes responsables de la pourriture des racines chez le ginseng américain
Citation
Des Rochers, N., Walsh, J.P., Renaud, J.B., Seifert, K.A., Yeung, K.K.C., Sumarah, M.W. (2020). Metabolomic profiling of fungal pathogens responsible for root rot in American ginseng. Metabolites, [online] 10(1), http://dx.doi.org/10.3390/metabo10010035
Résumé en langage clair
La production de ginseng au Canada est une importante source de revenus pour les producteurs agricoles, le taux d’exportation vers l’Asie s’élevant à 95 %. La production de ginseng est toutefois menacée par des champignons pathogènes qui font pourrir les racines du ginseng et en réduisent la valeur, et qui empêchent la croissance du ginseng dans les jardins où il était cultivé auparavant. Dans la présente étude, nous avons comparé la chimie des pathogènes fongiques du ginseng et déterminé pourquoi certains peuvent infecter les racines alors que d’autres n’y parviennent pas. Cette information est essentielle pour que les producteurs comprennent le problème et pour mettre au point des outils permettant de le gérer.
Résumé
© 2020, les auteurs. Titulaire de la licence : MDPI, Bâle, Suisse. Au Canada, la racine de ginseng est une culture à valeur économique qui présente un risque élevé de baisse de rendement causée par le champignon pathogène Ilyonectria mors-panacis, anciennement connu sous le nom de Cylindrocarpon destructans. Bien que cet agent pathogène ait été bien caractérisé d’un point de vue morphologique et génétique, on en sait peu sur les métabolites secondaires qu’il produit et sur le rôle de ces derniers dans la pathogénicité de l’agent. Nous avons utilisé une approche non ciblée fondée sur la chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse (CPL-SM) associée à des réseaux moléculaires GNPS pour comparer le profil des métabolites de souches virulentes et avirulentes d’Ilyonectria. Les extraits à l’acétate d’éthyle de 22 souches d’I. mors-panacis et d’espèces étroitement apparentées ont été analysés par CPL-SM/SM. L’analyse en composantes principales des caractéristiques observées à la CPL-SM a permis d’observer deux groupes distincts, qui correspondaient aux souches virulentes et avirulentes d’Ilyonectria. Les souches virulentes produisaient plus de types de composés que les souches avirulentes. Le radicicol, un composé antifongique produit par I. mors-panacis que l’on avait déjà signalé, était présent. De plus, un certain nombre de lactones d’acide résorcylique apparentées ont pu être identifiées de façon putative, à savoir des pochonines et plusieurs autres dérivés du radicicol. Les pochonines, qui ont une activité antimicrobienne bien établie, n’avaient pas encore été signalées chez Ilyonectria spp. Les résultats de ces travaux de recherche nous aident à mieux comprendre les produits naturels à base d’I. mors-panacis et la relation pathogène qui existe entre cet organisme et le ginseng.