Premier signalement du virus du sommet touffu de la pomme de terre en Alberta

© 2016, American Phytopathological Society. Tous droits réservés. Le virus du sommet touffu de la pomme de terre (PMTV) appartient au genre Pomovirus et possède un génome à ARN monocaténaire de polarité positive divisé en trois segments. Le PMTV est transmis par le champignon pathogène terricole de la gale poudreuse, Spongospora subterranea (Wallroth) Lagerheim, qui est largement répandu et que l’on trouve dans la plupart des grandes régions productrices de pommes de terre. Dix tubercules de pomme de terre (Solanum tuberosum L.) cv. Russet Burbank cultivés dans le sud de l'Alberta, qui présentaient, à l'intérieur, des taches brunes et des arcs caractéristiques d’une infection au PMTV ou au virus du brunissement du tabac (TRV), ont été trouvés en juin 2016 dans un entrepôt commercial de pommes de terre. Les tissus, qui présentaient des symptômes variant de quelques taches brunes à plusieurs arcs concentriques, ont été échantillonnés et analysés par PCR précédée d'une transcription inverse (RT-PCR) avec des amorces spécifiques au TRV (Kawchuk et al., 1997) ou au PMTV (Crosslin, 2011). L’ARN total des tubercules a été isolé à l’aide de la trousse de purification de l’ARN total Plant/Fungi (Norgen Biotek Corp., Thorold, Ontario) et l’ADNc a été préparé à l’aide de l’essai d’ADNc en tube unique Superscript III One-Step RT-PCR (Life Technologies, Ottawa, Ontario) et de l’ADN polymérase Taq Platine haute fidélité (Fisher Scientific, Ottawa, Ontario). Des tubercules asymptomatiques provenant du même entrepôt ont aussi été examinés. L’ADN amplifié cloné a été séquencé au moins deux fois dans les deux orientations (sens et antisens). Le PMTV et le TRV ont été détectés dans les tubercules qui présentaient des symptômes nécrotiques, donnant lieu à des amplicons de la taille prévue de 416 et 461 pb, respectivement. Ni le TRV ni le PMTV n’ont été détectés dans les tubercules asymptomatiques. Les tubercules symptômatiques étaient aussi positifs au PMTV avec le test DAS-ELISA et par immunocapture à l’aide d’antisérums polyclonaux disponibles dans le commerce (Bioreba AG, Suisse), suivie d'une RT-PCR (Kalischuk et al., 2013). En revanche, les tubercules asymptomatiques étaient négatifs au PMTV. Tous les tubercules étaient négatifs au virus Y de la pomme de terre et au virus de l’enroulement de la pomme de terre dans les tests ELISA répétés (Agdia, Elkhart, IN). L’amplicon de 416 pb obtenu avec les amorces PMTV RT-PCR a été cloné et séquencé. La séquence a été soumise à GenBank (no d’accession KX443693) et l’analyse BLAST a montré une correspondance identique au gène de la protéine de l’enveloppe sur le segment 3 de l’ARN des isolats de PMTV d’Europe (KT923158, LN614487 et AM503616). Ces résultats confirment que le PMTV est présent dans le sud de l’Alberta. Des rapports publiés récemment indiquent que le PMTV a également été détecté dans les États avoisinants de l’Idaho, de Washington et de l’Oregon (Crosslin 2011, Kaur et al. 2016, Whitworth et Crosslin 2013). La détection du PMTV en Alberta signifie que le pathogène se propage à de nouvelles régions, et que les producteurs, les transformateurs et les organismes de réglementation doivent surveiller les déplacements et la prévalence de ce virus potentiellement dévastateur au Canada afin de minimiser les pertes dues à la maladie qu'il cause.