Plusieurs locus à caractères quantitatifs d’adaptation et de résistance à la rouille révélés chez l’avoine « southern-by-spring » par une carte de liaison génétique
Citation
Sunstrum, F.G., Bekele, W.A., Wight, C.P., Yan, W., Chen, Y., Tinker, N.A. (2019). A genetic linkage map in southern-by-spring oat identifies multiple quantitative trait loci for adaptation and rust resistance. Plant Breeding, [online] 138(1), 82-94. http://dx.doi.org/10.1111/pbr.12666
Résumé en langage clair
Nous avons produit une population de 178 nouvelles lignées d’avoine en croisant une variété d’avoine de Saskatoon avec une variété du Texas. Nous nous sommes servis de cette population pour créer une carte génétique de haute qualité qui ressemble beaucoup à une carte d’avoine standard, mais qui met en évidence les parties de deux chromosomes où cette population diverge des autres populations d’avoine. Nous avons ensuite utilisé cette carte pour identifier les régions géniques (locus à caractères quantitatifs, ou LCQ) qui déterminent la hauteur de la plante (5 LCQ), la période de floraison (5 LCQ) et la résistance au pathogène de la rouille couronnée (4 LCQ). L’étude fournira des indications importantes pour les stratégies de sélection assistée par la génomique, notamment pour la mise au point de nouvelles variétés d’avoine qui fleurissent plus tôt, résistent à la verse et présentent une résistance multigénique durable à la rouille couronnée.
Résumé
© Sa Majesté la Reine du chef du Canada, 2018; © Blackwell Verlag GmbH, 2018. Nous avons créé 178 lignées pures recombinantes à partir d’une population d’avoine « southern-by-spring » désignée TxH. Nous avons génotypé ces lignées afin de produire une carte de liaison de haute qualité qui a permis de classer 6 902 marqueurs en 21 groupes de liaison qui correspondaient étroitement à la plus récente carte de consensus de l’avoine hexaploïde. Nous avons trouvé trois importants locus à caractères quantitatifs (LCQ) influant sur la date d’épiaison dans des emplacements qui correspondent à des LCQ connus et à des gènes candidats, ainsi que deux autres LCQ influant sur la date d’épiaison dans de nouveaux emplacements. Nous avons trouvé cinq LCQ influant sur la hauteur des plantes. Les deux ensembles de LCQ sont responsables de la ségrégation transgressive observée pour ces deux caractères. Nous avons également identifié quatre LCQ influant sur la résistance à la rouille couronnée, une maladie causée par le Puccinia coronata f. sp. avenae. Deux de ces LCQ concordent avec des familles connues de gènes de résistance à la rouille, tandis que les deux autres pourraient représenter les emplacements de nouveaux gènes de résistance à la rouille. Nous présentons un ensemble complet de séquences SNP qui peuvent servir à créer des marqueurs pour la sélection moléculaire.