Phylogenetic analysis of methanotrophic communities in cover soils of a landfill in Ontario

Nous avons étudié les méthanotrophes des sols du site d’enfouissement du chemin Trail à Ottawa (Ontario) par une méthode moléculaire ne faisant pas intervenir de culture ainsi que par une méthode avec culture. L’analyse par électrophorèse en gel de gradient dénaturant (DGGE) de fragments géniques amplifiés d’ADNr 16S spécifiques des méthanotrophes a permis de constater que la communauté méthanotrophe de type I (voie du ribulose monophosphate, ou RuMP) était plus diversifiée que la communauté de type II (voie de la sérine) dans 17 échantillons de sol prélevés le long d’un transect de 50 m. La communauté méthanotrophe de type II était moins diversifiée : le genre Methylocystis prédominait dans presque tous les échantillons, et des groupes à fort taux de similitude (85 88 %) ont été mis en évidence. En outre, nos résultats ont révélé que le rapport C/N de la matière organique du sol pourrait influer dans une mesure significative sur la structure des communautés méthanotrophes. L’analyse de la séquence du gène cloné pmoA a corroboré les résultats de l’électrophorèse. Les bactéries des genres Methylobacter (type I), Methylocaldum (type X) et Methylocystis (type II) semblaient prédominer chez les méthanotrophes. Après culture en milieu d’enrichissement pour méthanotrophes, nous avons isolé une espèce de Methylobacter de type I et 3 espèces de Methylocystis de type II qui semblaient faire partie des espèces bactériennes prédominantes dans l’échantillon de sol utilisé pour l’isolement.