A PCR-RFLP assay for identification and detection of Pythium myriotylum, causal agent of the cocoyam root rot disease
Citation
Gómez-Alpízar, L., Saalau, E., Picado, I., Tambong, J.T., et Saborío, F. (2011). « A PCR-RFLP assay for identification and detection of Pythium myriotylum, causal agent of the cocoyam root rot disease. », Letters in Applied Microbiology, 52(3), p. 185-192. doi : 10.1111/j.1472-765X.2010.02998.x
Résumé
But. Mettre au point une épreuve de PCR-RFLP fiable pour distinguer les souches de P. myriotylum pathogènes pour le taro des souches non pathogènes, et permettant de détecter les souches pathogènes in planta.
Méthodes et résultats. Nous avons aligné les séquences de l’espaceur transcrit interne (ITS) de l’ADN ribosomique nucléaire (ADNr-ITS) contenant les régions ITS1 et ITS2 d’isolats de P. myriotylum du taro et d’autres hôtes pour produire une carte de restriction. L’analyse de l’alignement des séquences de l’ADNr-ITS a révélé un nouveau polymorphisme mononucléotidique (SNP; thymine/cytosine) en aval du SNP (guanine/adénine) découvert entre les isolats de souches P. myriotylum pathogènes et non pathogènes pour le taro. Le nouveau SNP se trouve dans le site de restriction de l’endonucléase AarI. En nous fondant sur ce SNP, nous avons mis au point une épreuve de PCR-RFLP pour la détection spécifique du P. myriotylum. Les amplicons PCR de tous les isolats de P. myriotylum qui avaient infecté le taro ont été clivés par l’enzyme AarI, produisant deux bandes (600 et 400 pb) à l’électrophorèse, tandis que ceux d’autres hôtes ne produisaient qu’une seule bande (1000 pb), confirmant l’existence et la spécificité du site de restriction AarI . L’épreuve s’est aussi révélée efficace pour détecter la présence du pathogène in planta, dans les racines du taro, sans isolement préalable en culture pure.
Conclusion. Nous avons mis au point une méthode de PCR-RFLP qui permet de différencier les isolats de P. myriotylum qui sont pathogènes pour le taro de ceux qui ne le sont pas, et de les distinguer des autres champignons microscopiques qui se retrouvent couramment dans la rhizosphère du taro.
Signification et impact de l’étude. La détection précoce et rapide du pathogène peut s’avérer importante dans la certification du matériel végétal exempt de maladie, contribuant ainsi à des pratiques de gestion durables et à la réduction des pertes économiques.