N (FR)Méthode de qRT PCR évaluant la viabilité du nématode à kyste de la pomme de terre (Globodera spp.)
Citation
Mimee, B., Soufiane, B., Dauphinais, N., Bélair, G. (2017). A qRT-PCR method to evaluate viability of potato cyst nematode (Globodera spp.), 39(4), 503-513. http://dx.doi.org/10.1080/07060661.2017.1382574
Résumé en langage clair
Les nématodes à kyste de la pomme de terre causent d’importantes pertes de rendement de pommes de terre partout dans le monde. L’une des principales difficultés de la lutte contre ces parasites est leur capacité à demeurer dormants dans le sol durant plusieurs décennies. Nous diffusons ici une méthode moléculaire prometteuse de quantification de la viabilité des œufs. La méthode a permis de quantifier avec succès trois espèces de nématodes à kyste de la pomme de terre et s’est avérée être très sensible car elle peut détecter systématiquement une seule larve. Cette méthode a servi à évaluer la viabilité de populations sur le terrain, dix ans après l’établissement d’une zone de quarantaine à SaintAmable, au Québec, au Canada. Le nombre d’œufs viables après une décennie de réglementation était très faible et a permis de confirmer l’efficacité des mesures mises en place.
Résumé
2017 Sa Majesté la Reine du chef du Canada, représentée par Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC). Les nématodes à kyste de la pomme de terre (NKP) – Globodera rostochiensis et G. pallida – causent des pertes de rendement importantes en pommes de terre partout dans le monde. L’une des principales difficultés liées à la lutte contre les NKP est la capacité des NKP à demeurer dormants dans le sol durant plusieurs décennies. C’est pour cette raison que de nombreux pays imposent une réglementation stricte en matière de quarantaine les visant. Cette réglementation, bien que coûteuse et restrictive pour les producteurs, est nécessaire pour prévenir une plus grande propagation des NKP, mais devrait être abrogée lorsqu’on ne trouve plus de kystes viables. Nous diffusons ici une méthode de qRT PCR prometteuse visant à quantifier les œufs viables et nous proposons que cette méthode soit utilisée dans les essais de routine. Cette méthode a permis de quantifier G. ellingtonae, G. rostochiensis et G. pallida et s’est avérée très sensible car elle a permis la détection systématique d’une seule larve. Des sondes introniques flanquantes ont servi à éliminer la possibilité de faux positifs attribuables à la présence d’ADN génomique, et un témoin interne a été ajouté pour déceler tout échec de la PCR attribuable à des inhibiteurs. Il n’y a eu aucune amplification lors de l’essai réalisé avec des œufs ayant préalablement été traités à la chaleur ou fumigés avec du bromure de méthyle. Cet essai de qRT PCR a été utilisé pour évaluer la viabilité de populations de G. rostochiensis sur le terrain, dix ans après l’établissement d’une zone de quarantaine à Saint Amable, au Québec, au Canada. Le nombre d’œufs viables après une décennie de réglementation s’est avéré très faible et a permis de confirmer l’efficacité des mesures mises en place. Nous avons aussi surveillé la viabilité des œufs dans des microparcelles dans lesquels on a planté des pommes de terre résistantes durant cinq années d’affilée, et nous n’avons observé aucun signe de génotypes capables de surmonter une résistance.