Multiplex detection of bacteria in complex clinical and environmental samples using oligonucleotide-coupled fluorescent microspheres

La vaginose bactérienne (VB) est un syndrome polymicrobien récurrent caractérisé par la modification du microbiote « normal », qui passe d’un microbiote dominé par Lactobacillus à un microbiote dominé par diverses espèces bactériennes dont Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae et d’autres¹⁻³. Cette affection est associée à un éventail de conséquences négatives sur la santé, dont l’acquisition du VIH⁴, et sa prise en charge clinique peut être difficile. De plus, le diagnostic de la VB reposait sur la coloration de Gram des frottis d’écouvillons vaginaux évalués selon divers critères numériques⁶⁻⁷. Tandis que cette méthode diagnostique est simple et peu coûteuse, et qu’elle convient bien à un milieu limité en ressources, elle peut présenter des problèmes d’interprétation subjective et ne fournit pas le profil détaillé de la composition du microbiote vaginal⁸. Les récents travaux de séquençage approfondi ont révélé un microbiote vaginal riche et diversifié présentant des différences marquées entre les échantillons prélevés chez les femmes atteintes de VB et les échantillons prélevés chez les femmes considérées normales⁹⁻¹⁰, ce qui a donné lieu à la mise en évidence d’un certain nombre de cibles possibles en vue du diagnostic moléculaire de la VB¹¹⁻¹². Ces études ont fourni beaucoup d’information utile, mais le séquençage approfondi n’est pas encore une méthode diagnostic réalisable dans un contexte clinique. Nous avons récemment décrit une méthode permettant d’établir rapidement le profil du microbiote vaginal dans un format multiplex au moyen de billes fluorescentes couplées à des oligonucléotides avec détection sur une plateforme Luminex¹³. Cette méthode, comme les méthodes actuelles fondées sur la coloration de Gram, est rapide et simple, mais elle possède l’avantage additionnel de tirer parti des connaissances moléculaires issues des études de séquençage sur la conception des sondes. Cette méthode constitue donc une façon d’établir le profil des principaux microorganismes présents dans un écouvillon vaginal, méthode qui peut être utilisée pour diagnostiquer la VB et qui possède une sensibilité et une spécificité plus élevées que la coloration de Gram tout en fournissant rapidement des données additionnelles semi‑quantitatives sur la présence et l’abondance des espèces. Cette méthode multiplexe peut s’étendre bien au‑delà de la gamme des essais PCR quantitatifs actuels appliqués à des organismes particuliers, lesquels sont limités pour le moment à 5 ou 6 essais différents dans un seul échantillon¹⁴. Fait important à signaler, la méthode n’est pas limitée à la détection des bactéries que l’on trouve dans les écouvillons vaginaux et elle peut facilement être adaptée de manière à établir rapidement le profil de presque toutes les communautés microbiennes d’intérêt. Par exemple, dernièrement, nous avons commencé à appliquer cette méthode à la mise au point d’outils diagnostiques destinés aux usines de traitement des eaux usées.