Multigene phylogenetic analyses to delimit new species in fungal plant pathogens

Il est maintenant pratique courante en mycologie et en phytopathologie d’étayer l’identification de nouvelles souches ou de nouveaux spécimens par le séquençage d’un marqueur utilisé en phylogénétique, c’est-à-dire le code-barres d’ADN, mais est-on en présence d’une nouvelle espèce si une souche ne diffère de la souche type bien caractérisée sur le plan taxinomique que par quelques paires de bases sans présenter de différences morphologiques? Si l’on connaît les variations intra et interspécifiques du locus utilisé pour l’identification de toutes les espèces étroitement apparentées, on peut prédire de manière fiable le statut de nouveauté d’une espèce, mais au bout du compte, cette question ne peut être résolue que par la détermination de la présence ou de l’absence de flux génique parmi les souches de la nouvelle espèce présumée et les souches des espèces déjà définies. Le concept d’espèce phylogénétique et son évaluation à l’aide de la phylogénie multigénique et de la méthode de « reconnaissance d’espèce phylogénétique » par la concordance généalogique (GCPSR) sont à la base du présent article, dans lequel nous expliquons le cadre théorique ainsi que les différents outils permettant d’appliquer ces concepts pour déterminer si une espèce est distincte ou nouvelle en raison d’une divergence de séquence par rapport aux données de référence.