Molecular characterization of Hepatitis E virus detected in swine farms in the province of Quebec.

Le virus de l’Hépatite E (HEV) chez le porc pourrait être un agent zoonotique responsable d’infections chez l’humain. Au Canada, approximativement 60 % des porcs commercialisés de 6 mois sont séropositifs pour HEV, avec une prévalence plus élevée pour les provinces de Québec et de l’Ontario. Dans cette étude nous avons évalué la présence de HEV porcin dans différentes fermes du Québec et comparé les souches détectées dans les matières fécales avec les souches de HEV d’origine porcine et humaine retrouvées à travers le monde. Des échantillons de matière fécale de porc ont été récupérés de façon aléatoire de mai 2003 à janvier 2004 dans 70 fermes du Québec. L’ARN de HEV a été extrait des matières fécales et détecté par réaction d’amplification en chaîne nichée à l’aide de la transcriptase reverse (RT-PCR niché) dans 24 échantillons, représentant 34 % des fermes visitées. Tous les produits d’amplification obtenus par RT-PCR niché ont été purifiés, clonés et séquencés. Les séquences obtenues, d’une longueur de 304 paires de base, sont situées à l’extrémité 5' du gène ORF2. L’analyse phylogénétique démontre que les 24 produits d’amplification de HEV porcin sont regroupés dans le génotype 3 et que ceux-ci possèdent une similarité de la séquence en nucléotides qui se situe entre 85 % et 99 % avec des séquences de HEV déjà identifiées au Japon, aux États-Unis et au Canada. Trois séquences identifiées dans cette étude (swSTHY1, swSTHY31 et swSTHY47) démontrent 95 % d’homologie avec deux souches japonaise (swJ1-1 et HE-JA10) et une souche américaine (US1) de HEV d’origine humaine.