Molecular characterization of anaerobic digester microbial communities identifies microorganisms that correlate to reactor performance

Nous avons procédé à une étude chronologique de la digestion thermophile anaérobie dans le fumier des bovins laitiers et la vinasse diluée de la distillation du blé. Le séquençage de cibles de la chaperonine nous a permis de faire l’analyse phylogénétique des bactéries et des archées du digesta et d’évaluer la diversité du microbiome du bioréacteur. En tout, 1129 unités taxinomiques opérationnelles (UTO) de bactéries ont été détectées dans les bioréacteurs, celles appartenant au genre Clostridium devenant dominantes sur le plan numérique à partir du jour 7, et celles appartenant au genre Acetivibrio, à partir du jour 35. Les communautés d’Archées étaient moins diversifiées, avec 19 UTO détectées représentant les méthanogènes acétoclastes et les méthanogènes hydrogénotrophes. Quel que soit le matériel de départ, les mêmes organismes sont devenus dominants dans les bioréacteurs, dénotant les fortes pressions sélectives présentes. L’analyse en coordonnées principales des communautés microbiennes a montré que les communautés bactériennes étaient groupées en fonction de facteurs autres que le matériel de départ. Nous avons constaté des corrélations significatives entre les UTO de bactéries et d’archées et les paramètres associés à la performance, laissant supposer des rôles importants dans la voie de production du méthane.