Mise au point d’une analyse de fusion de l’ADN à haute résolution pour la détection simultanée du virus du sommet touffu de la pomme de terre et de son vecteur, Spongospora subterranea, dans le sol

Citation

Nie, X., Singh, M., Chen, D., Gilchrist, C., Soqrat, Y., Shukla, M., Creelman, A., Dickison, V., Nie, B., Lavoie, J., Bisht, V. (2021). Development of high-resolution DNA melting analysis for simultaneous detection of potato mop-top virus and its vector, spongospora subterranea, in soil. Plant Disease, [online] 105(4), 948-957. http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-06-20-1321-RE

Résumé en langage clair

Dans le cadre de la présente étude, nous avons mis au point une série d’analyses de fusion de l’ADN à haute résolution par RT-PCR duplex pour la détection simultanée du virus du sommet touffu de la pomme de terre (VSTPT) et de son vecteur protiste, Spongospora subterranea f.sp. subterranea (Sss). L’infestation du sol par le VSTPT a été détectée au moyen d’un système d’appâtage à base de tabac. L’ARN total extrait du sol a permis de détecter avec succès le VSTPT et Sss par électrophorèse sur gel. Pour favoriser une détection plus efficace, nous avons effectué des analyses par RT-PCR en temps réel avec de nouvelles paires d’amorces pour les espèces d’ARN du VSTPT (ARN-Rep, ARN-CP et ARN-TGB) et avec les amorces existantes pour Sss. Les amplicons résultants présentaient des profils de fusion qui pouvaient être facilement différenciés. Dans le cadre de la RT-PCR duplex, toutes les combinaisons d’amorces du VSTPT et de Sss ont permis de détecter avec succès les espèces d’ARN du VSTPT et de Sss dans des échantillons par l’analyse de fusion de l’ADN à haute résolution. Lorsque des échantillons de sol prélevés dans six champs à quatre endroits différents au Nouveau-Brunswick, au Canada, ont été soumis à une analyse duplex de fusion de l’ADN à haute résolution, le VSTPT et/ou Sss ont été détectés dans 63 à 100 % des échantillons provenant des champs où l’on avait observé la présence de tubercules infectés par le VSTPT. Par contre, dans le cas des échantillons provenant des champs où l’on n’avait observé aucun tubercule infecté par le VSTPT ou par Sss, les résultats de l’analyse étaient négatifs. Les essais biologiques concernant le VSTPT et Sss menés avec du tabac en guise d’appât ont donné des résultats similaires. Entre 63-83 % et 100 % des échantillons de sol prélevés dans les champs infestés par le VSTPT ont entraîné l’infection par le VSTPT et Sss des plants de tabac utilisés comme appâts, respectivement, alors qu’aucun plant infecté par le VSTPT ou Sss n’a été observé dans les échantillons de sol provenant des champs exempts de VSTPT/Sss.

Résumé

Dans le cadre de la présente étude, nous avons mis au point une série d’analyses de fusion de l’ADN à haute résolution par RT-PCR duplex pour la détection simultanée du virus du sommet touffu de la pomme de terre (VSTPT) et de son vecteur protiste, Spongospora subterranea f.sp. subterranea (Sss). L’infestation du sol par le VSTPT a été détectée à l’aide d’un système d’appâtage à base de tabac. L’ARN total extrait du sol a permis de détecter avec succès le VSTPT et Sss par électrophorèse sur gel. Pour favoriser une détection plus efficace, nous avons effectué des analyses par RT-PCR en temps réel avec de nouvelles paires d’amorces pour les espèces d’ARN du VSTPT (ARN-Rep, ARN-CP et ARN-TGB) et avec les amorces existantes pour Sss. Les amplicons résultants présentaient des profils de fusion qui pouvaient être facilement différenciés. Dans le cadre de la RT-PCR duplex, toutes les combinaisons d’amorces du VSTPT et de Sss ont permis de détecter avec succès les espèces d’ARN du VSTPT et de Sss dans des échantillons par l’analyse de fusion de l’ADN à haute résolution. Lorsque des échantillons de sol prélevés dans six champs à quatre endroits différents au Nouveau-Brunswick, au Canada, ont été soumis à une analyse duplex de fusion de l’ADN à haute résolution, le VSTPT et/ou Sss ont été détectés dans 63 à 100 % des échantillons provenant des champs où l’on avait observé la présence de tubercules infectés par le VSTPT. Par contre, dans le cas des échantillons provenant des champs où l’on n’avait observé aucun tubercule infecté par le VSTPT ou par Sss, les résultats de l’analyse étaient négatifs. Les essais biologiques concernant le VSTPT et Sss menés avec du tabac en guise d’appât ont donné des résultats similaires. Entre 63-83 % et 100 % des échantillons de sol prélevés dans les champs infestés par le VSTPT ont entraîné l’infection par le VSTPT et Sss des plants de tabac utilisés comme appâts, respectivement, alors qu’aucun plant infecté par le VSTPT ou Sss n’a été observé dans les échantillons de sol provenant des champs exempts de VSTPT/Sss.

Date de publication

2021-04-01

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