Microbiote fécal des agneaux nourris de dalée violette (Dalea purpurea Vent.) et de luzerne (Medicago sativa)

© 2017, Springer-Verlag GmbH, Allemagne. Dans la présente étude, nous avons évalué l’effet de la dalée violette et des tanins condensés de la dalée violette sur le microbiote fécal d’agneaux par pyroséquençage à haut débit du gène de l’ARNr 16S. Au total, 18 agneaux ont été répartis au hasard en trois groupes et ont reçu 1) de la luzerne fraîchement coupée, 2) un mélange 40:60 (matière sèche) de luzerne fraîchement coupée et de dalées violettes, ou encore 3) le mélange précédent additionné de polyéthylèneglycol pendant 18 jours. Des échantillons de matières fécales ont été recueillis du jour 13 au jour 18 par prélèvement rectal. L’ADN des échantillons de matières fécales a été extrait et les amplicons du gène de l’ARNr 16S microbien ont été séquencés par pyroséquençage 454. Dans les trois groupes d’animaux, la communauté bactérienne dans les échantillons de matières fécales était dominée par des Firmicutes et des Bacteroidetes, et il y avait de nombreuses séquences non classées au niveau du genre. Le type de fourrage et les tanins condensés n’ont eu aucun effet sur la composition microbienne des matières fécales au niveau de l’embranchement ou de la diversité α. Par rapport à la luzerne fraîchement coupée, le mélange 40:60 a réduit l’abondance relative de bactéries des genres Akkermansia (P = 0,03) et Asteroleplasma (P = 0,05). Les populations microbiennes fécales chez les animaux ayant ingéré de la luzerne fraîchement coupée ou le mélange additionné de polyéthylèneglycol étaient groupées séparément les unes des autres lorsqu’elles étaient évaluées selon la méthode UniFrac non pondérée (P < 0,05). Ces résultats indiquent que la présence de tanins condensés de dalée violette jusqu’à raison de 36 g/kg de matière sèche n’a pas d’effet majeur sur la flore microbienne fécale au niveau de l’embranchement et n’a eu que des effets mineurs sur la composition du microbiote fécal au niveau du genre chez les agneaux.