Microbiomes bactériens et fongiques de base associés aux petites céréales à ensilage lors de la mise en silos et de la détérioration aérobie

© Les auteurs, 2017. Contexte : Décrire les populations microbiennes présentes dans les petites céréales à ensilage et comprendre les changements qu’elles peuvent subir pendant la mise en silos sont importants pour améliorer la valeur nutritive de ces importantes cultures fourragères. De l’orge, de l’avoine et du triticale ainsi qu’un mélange implanté en intercalaire des trois cultures ont été récoltés et ensilés dans des mini silos pendant une période de 90 jours, suivie de 14 jours d’exposition aérobie. Les changements dans les caractéristiques de fermentation et la valeur nutritive ont été évalués dans les ensilages terminaux, et les communautés bactériennes et fongiques pendant la mise en silos et l’exposition aérobie ont été décrites en utilisant le séquençage d’ADNr 16S et 18S, respectivement. Résultats : Toutes les petites céréales à ensilage présentaient des caractéristiques chimiques associées à des fourrages bien ensilés, comme un faible pH (4,09 ±0,28) et des niveaux élevés d’acide lactique (59,8 ±14,59 mg/g DM). Le nombre d’unités taxinomiques opérationnelles du génome microbien de base diminue avec la durée d’ensilage. Les profils des communautés bactériennes taxinomiques étaient dominés par les Lactobacillales après fermentation, avec une augmentation notable des Bacillales due à l’exposition aérobie. Il a été démontré que la diversité du microbiome fongique de base diminue également pendant l’ensilage. Des unités taxinomiques opérationnelles assignées aux champignons filamenteux ont été trouvées dans le microbiome de base au moment de la mise en silos et après l’exposition aérobie, tandis que des Saccharomycétales constituaient la population de levures dominante après 90 jours d’ensilage et d’exposition aérobie. On a décelé dans le microbiome de base des ordres de bactéries et de champignons généralement associés à la détérioration en silos après l’exposition aérobie. Conclusion : Le séquençage de la prochaine génération a été utilisé avec succès pour décrire les communautés bactériennes et documenter pour la première fois les communautés fongiques tout au long du processus de mise en silos et d’utilisation. Une description adéquate de l’écologie microbienne dans les silos pourrait mener à de meilleures pratiques de mise en silos et à la sélection d’inoculums pour ensilage agissant en synergie avec le microbiome naturel des fourrages.