Microbiome et résistome des voies respiratoires inférieures de bovins morts du complexe respiratoire bovin
Citation
Klima, C.L., Holman, D.B., Ralston, B.J., Stanford, K., Zaheer, R., Alexander, T.W., McAllister, T.A. (2019). Lower Respiratory Tract Microbiome and Resistome of Bovine Respiratory Disease Mortalities. Microbial Ecology, [online] 78(2), 446-456. http://dx.doi.org/10.1007/s00248-019-01361-3
Résumé en langage clair
Des échantillons de lavage bronchoalvéolaire ont été prélevés chez des bovins morts du complexe respiratoire bovin (CRB), la cause la plus fréquente de morbidité et de mortalité chez les bovins de parcs d’engraissement. Le séquençage aléatoire a permis de caractériser le métagénome du microbiome des voies respiratoires inférieures (collection de microorganismes) de ces bovins, et les gènes de résistance aux antimicrobiens ont été identifiés. Des espèces bactériennes fréquemment associées au CRB, Histophilus somni, Mannheimia haemolytica, Mycoplasma bovis et Pasteurella multocida, ont été isolées des échantillons pulmonaires et leur sensibilité aux antimicrobiens a été déterminée.
Résumé
© La Couronne, 2019. Le complexe respiratoire bovin (CRB) demeure un problème de santé grave dans la production de bovins de boucherie. Cette maladie multifactorielle comprend plusieurs types de pneumonie associés à de nombreux agents viraux et bactériens. Une identification complète des microbes associés aux animaux qui meurent du CRB pourrait améliorer notre compréhension de l’éventail de pathogènes qui contribuent à la maladie et nous permettre de trouver de nouvelles cibles thérapeutiques. Dans cette étude, nous avons utilisé l’analyse métagénomique pour décrire le microbiome, le résistome ainsi que tout élément intégratif et conjugatif (ICE, pour Integrative and Conjugative Elements) associé dans les voies respiratoires inférieures de 15 bovins de parcs d’engraissement morts du CRB et de 3 animaux morts d’autre chose que du CRB. Les pathogènes bactériens connus associés au CRB, notamment Histophilus somni, Mannheimia haemolytica et Mycoplasma bovis, étaient relativement abondants (> 5 %) dans la plupart des échantillons. Les autres genres relativement abondants (> 1 %) comprenaient Acinetobacter, Bacillus, Bacteroides, Clostridium, Enterococcus et Pseudomonas. Les gènes de résistance aux antimicrobiens (GRA) représentaient jusqu’à 0,5 % des séquences et plusieurs de ces gènes étaient associés à des ICE précédemment décrits au sein de la famille des Pasteurellaceae. En tout, 20 ICE putatifs ont été détectés dans 16 échantillons. Ces résultats permettent de documenter la grande diversité de microorganismes dans les voies respiratoires inférieures des bovins qui succombent au CRB. Les données suggèrent aussi fortement que les souches de Pasteurellaceae résistantes aux antimicrobiens sont prévalentes dans les cas de CRB en Alberta et que la résistance observée est liée aux ICE. La présence d’ICE hébergeant un vaste éventail de GRA a des conséquences importantes sur l’efficacité des traitements médicamenteux pour lutter contre le CRB chez les bovins de boucherie.