Méthode efficace de récupération pour les particules virales entériques des sols agricoles

Citation

Brassard, J., Gagné, M.J. (2018). An efficient recovery method for enteric viral particles from agricultural soils. Journal of Virological Methods, [online] 261 1-5. http://dx.doi.org/10.1016/j.jviromet.2018.06.014

Résumé en langage clair

Les virus entériques sont reconnus comme étant la principale cause d'épidémies de gastro-entérite et d'hépatites partout dans le monde. Il importe de mieux comprendre leur prévalence et leur persistance dans l'environnement afin d’élaborer des stratégies de contrôle efficaces. Le but de cette étude était de développer une procédure de récupération performante pour les particules virales infectieuses provenant des sols agricoles. Des échantillons (25 g) de sol (terre noire, sol limoneux et sol sablonneux) ont été inoculés avec les virus du norovirus murin (MNV) et de calicivirus félin (FCV), mélangés à cinq tampons différents et le matériel génétique viral a été extrait par trois trousses commerciales. La combinaison de la solution tampon d'Eagle modifiée suivie de la trousse d'extraction d'acide nucléique à base de billes magnétique a été identifiée comme étant la procédure la plus efficace pour préserver l'infectivité des particules virales et pour éliminer les inhibiteurs. De plus, les résultats présentés dans cette étude soulignent l’importance d’utiliser un contrôle de processus interne tel que l’inoculation artificielle avec MNV à des concentrations connues lors de la détection par des méthodes moléculaires, afin d’éviter l’apparition de réactions faussement négatives

Résumé

© 2018. Les virus entériques sont reconnus comme étant la principale cause des gastroentérites non bactériennes et des éclosions d’hépatite dans le monde entier. Il est important de connaître leur prévalence et leur persistance dans l’environnement pour lutter efficacement contre ces infections. Dans la présente étude, nous voulions mettre au point une méthode efficace pour la récupération des particules infectieuses virales des sols agricoles. Pour ce faire, nous avons dopé des échantillons (25 g) de sol (sol noir, sol loameux et sol sablonneux) avec le norovirus murin (MNV) et le calicivirus félin (FCV), que nous avons mélangés avec cinq tampons différents, puis nous avons extrait le matériel génétique viral à l’aide de trois trousses commerciales. La combinaison constituée du tampon du milieu Eagle modifié suivi de la trousse d’extraction des acides nucléiques Dynabeads s’est révélée la méthode la plus efficace pour préserver le pouvoir infectieux des particules virales et éliminer les inhibiteurs de la PCR lorsque la détection a été faite par des techniques de biologie moléculaire. Les pourcentages de récupération du MNV infectieux pour les trois types de sols étaient de 54,3 %, 54,4 % et 56,9 %. Par contre, les titres du FCV variaient selon le type de sol, et les pourcentages de récupération étaient de 47,8 % dans le sol noir, 15,6 % dans le sol loameux et 17,7 % dans le sol sablonneux. De plus, les résultats présentés dans notre étude font ressortir l’importance d’utiliser un contrôle interne tel que l’inoculation artificielle du MNV à des concentrations connues lors de la détection par méthodes moléculaires, afin d’éviter que des réactions faussement négatives se produisent.

Date de publication

2018-11-01

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