Méta-analyse du microbiote du tractus gastro-intestinal des bovins

Citation

Holman, D.B., Gzyl, K.E. (2019). A meta-analysis of the bovine gastrointestinal tract microbiota, 95(6), http://dx.doi.org/10.1093/femsec/fiz072

Résumé en langage clair

Cette étude était une méta-analyse de toutes les séquences du gène de l’ARNr 16S disponibles publiquement (en avril 2019) provenant de microorganismes du tractus gastro-intestinal (GI) de bovins. L’objectif était d’identifier les taxons communs (archées et bactéries) entre les différentes études du tractus gastro-intestinal bovin.

Résumé

© Sa Majesté la Reine du chef du Canada, 2019. Reproduit avec l’autorisation de la ministre de l’Agriculture et de l’Agroalimentaire. Le microbiote du tractus gastro-intestinal (GI) des bovins a une influence importante sur la santé et la production des animaux. Actuellement, un grand nombre d’études ont utilisé le séquençage à haut débit du gène de l’ARNr 16S des archées et des bactéries pour caractériser ces microbiotes selon différents paramètres expérimentaux. En regroupant les séries de données publiques sur le gène de l’ARNr 16S des archéens et des bactéries, issues de 52 études, nous avons pu déterminer les taxons communs à presque tous les échantillons de microbiote du tractus gastro-intestinal des bovins, ainsi que les taxons fortement liés au rumen ou aux matières fécales. Les genres méthanogènes Methanobrevibacter et Methanosphaera ont été identifiés dans presque tous les échantillons de matières fécales et ruminales (> 99,1 %), ainsi que les genres bactériens Prevotella et Ruminococcus (= 92,9 %). Les genres bactériens comme Alistipes, Bacteroides, Clostridium, Faecalibacterium et Escherichia/Shigella ont été associés aux matières fécales, tandis que les genres Fibrobacter, Prevotella, Ruminococcus et Succiniclasticum ont été associés au rumen. Comme prévu, les études individuelles ont fortement influé sur la structure de la communauté bactérienne, cependant, les échantillons de matières fécales et ruminales semblaient distincts les uns des autres. Cette méta-analyse offre la première comparaison des données de séquençage à haut débit du gène de l’ARNr 16S de microorganismes du tractus gastro-intestinal des bovins provenant de multiples études et peut servir de base pour améliorer la recherche future sur la communauté microbienne des bovins.

Date de publication

2019-06-01

Profils d'auteurs