Marker development, saturation mapping, and high-resolution mapping of the Septoria nodorum blotch susceptibility gene Snn3-B1 in wheat
Citation
Shi, G., Zhang, Z.-C., Friesen, T.L., Bansal, U., Cloutier, S., Wicker, T., Rasmussen, J.B., et Faris, J.D. (2015). « Marker development, saturation mapping, and high-resolution mapping of the Septoria nodorum blotch susceptibility gene Snn3-B1 in wheat. », Molecular Genetics and Genomics. doi : 10.1007/s00438-015-1091-x
Résumé
La septoriose du blé, causée par le Parastagonospora nodorum, est une maladie grave qui touche les feuilles et les glumes du blé dur et du blé commun. Les effecteurs nécrotrophes produits par le pathogène constituent le principal facteur déterminant pour la maladie sur les feuilles. L’un de ces effecteurs, le SnTox3, provoque la mort cellulaire programmée et entraîne la maladie lorsqu’il est reconnu par le gène Snn3-B1 du blé. Nous avons établi des cartes de liaison génétique saturées de la région Snn3-B1 au moyen de deux populations F2 issues du croisement de la lignée sensible au SnTox3 Sumai 3 avec différentes lignées insensibles au SnTox3. Des marqueurs ont été identifiés et/ou mis au point à l’aide de diverses ressources, dont les suivantes : microsatellites déjà cartographiés, étiquettes de séquences exprimées (EST) déterminées par cartographie sélective, polymorphisme mononucléotidique et séquences d’interrogation du génome entier. La cartographie subséquente à haute résolution du locus Snn3-B1 dans 5 600 gamètes a permis de délimiter le gène selon un intervalle de 1,5 cM. L’analyse de la microcolinéarité de la région Snn3-B1 a indiqué qu’elle était fortement perturbée, d’après une comparaison avec le riz et le Brachypodium distachyon. Le criblage d’une collection de cultivars de blé dur et de blé commun au moyen de marqueurs étroitement interreliés a indiqué qu’ils ne permettaient pas de diagnostiquer la présence du Snn3-B1, mais pouvaient être utiles pour la sélection assistée par marqueurs lorsque les réactions des lignées au SnTox3 étaient d’abord déterminées. Enfin, nous avons mis au point une population Sumai 3 mutante induite par méthanesulfonate d’éthyle; le criblage de 408 familles M2 a mené à l’identification de 17 mutants insensibles au SnTox3. Ces mutants ainsi que les marqueurs et la carte à haute résolution établie dans le cadre de l’étude constituent une base solide pour le clonage positionnel du Snn3-B1, qui permettra d’approfondir notre compréhension du système blé-P. nodorum et des interactions plantes-pathogènes nécrotrophes en général.