L’établissement de profils avec des marqueurs de haute densité permet de confirmer le génome ancestral de l’espèce Avena et d’identifier les chromosomes du génome D de l’avoine hexaploïde

Citation

Yan, H., Bekele, W. A., Wight, C. P., Peng, Y., Langdon, T., Latta, R. G., Fu, Y.-B., Diederichsen, A., Howarth, C. J., Jellen, E. N., Boyle, B., Wei, Y., and Tinker, N. A., 2016: High-density marker profiling confirms ancestral genomes of Avena species and identifies D-genome chromosomes of hexaploid oat. Theoretical and Applied Genetics 129, 2133–2149.

Résumé en langage clair

Nous avons examiné les liens génomiques entre 27 espèces d’avoine à l’aide de marqueurs génétiques de haute densité. Ces travaux ont clairement montré la contribution génomique d’ancêtres sauvages de l’avoine cultivée. Nous avons aussi utilisé une nouvelle méthode de peinture génomique électronique qui indique quels génomes de l’avoine cultivée proviennent des différents ancêtres sauvages. Ces résultats auront d’importantes applications dans l’analyse génétique, le clonage génétiq

Résumé

Nous avons examiné les liens génomiques de 27 espèces du genre Avena à l’aide de marqueurs génétiques de haute densité révélés par génotypage par séquençage (GBS). Deux méthodes d’analyse par GBS ont été utilisées : l’une fondée sur des haplotypes dans les marqueurs qui ont été précédemment cartographiés chez l’avoine hexaploïde cultivée (A. sativa), et l’une visant à échantillonner et décrire les haplotypes dans les marqueurs provenant de toutes les espèces à l’étude. Sur le plan qualitatif, les deux méthodes ont donné des prédictions semblables pour ce qui est du regroupement des espèces et des génomes ancestraux partagés. Par ailleurs, les résultats étaient cohérents avec les phylogénies antérieures du genre obtenues par les approches classiques, ce qui étaye la robustesse de l’analyse du génome entier par GBS. Les données sont présentées pour justifier la classification finale et définitive des tétraploïdes A. insularis, A. maroccana (=A. magna) et A. murphyi comme contenant des génomes D‑plus‑C, et aucun génome A‑plus‑C, ce résultat étant le plus souvent décrit dans les publications antérieures. Par peinture électronique des représentations des 21 chromosomes de la carte consensus de l’avoine hexaploïde, nous avons montré comment la fréquence relative des correspondances entre les haploïdes cartographiées des hexaploïdes et les génomes AC (DC) des tétraploïdes contre le génome A- et C- des diploïdes peut révéler de façon exacte l’origine du génome de tous les chromosomes hexaploïdes, y compris la position approximative de translocation intergénome. Nous présentons des données qui appuient la classification continue d’un génome B divergent chez les tétraploïdes AB, et nous confirmons qu’aucun génome A de diploïdes existant, y compris A. canariensis, sont suffisamment semblables au génome D des tétraploïdes et à l’avoine hexaploïde pour justifier qu’il soit considéré comme un génome D de diploïde.