Le soja inoculé au moyen de suspensions de sol de la zone racinaire de légumineuses indigènes canadiennes héberge des espèces diversifiées et nouvelles de Bradyrhizobium qui présentent un bon potentiel en agriculture

Nous avons évalué les relations évolutives des bactéries nodulantes du soja associées aux légumineuses indigènes de l’Est du Canada afin de trouver de nouvelles sources potentielles de souches d’inoculant pour le soja. Des variétés de soja à cycle court ont été utilisées pour piéger sélectivement les bactéries du sol de la zone racinaire de quatre espèces de légumineuses indigènes. Le criblage de plus de 800 isolats bactériens provenant de nodules de racines de soja, par analyse de séquences de gènes recA suivie d’analyses de génotypes sélectionnés à l’aide des séquences de six gènes de base et de deux gènes de symbiose (nodC et nifH), a permis d’identifier divers taxons dont huit nouvelles espèces et quatre espèces nommées de Bradyrhizobium ainsi que des lignées attribuées aux genres Afipia et Tardiphaga. Les essais réalisés sur les plantes ont montré que des symbiontes apparentés aux quatre espèces nommées ainsi qu’une nouvelle lignée de Bradyrhizobium étaient très efficaces en ce qui concerne la fixation de l’azote chez le soja par rapport à une souche d’inoculant. Un nouveau symbiovar (sv. septentrionalis) est proposé sur la base d’un groupe de quatre nouvelles espèces de Bradyrhizobium qui possèdent des séquences de gènes de symbiose nodC et nifH et des caractéristiques distinctives. Des données probantes sont fournies concernant le transfert horizontal de gènes de symbiose du sv. septentrionalis entre les nouvelles espèces de Bradyrhizobium, processus qui a rendu les bactéries réceptrices inefficaces chez le soja. Diverses lignées de Bradyrhizobium non symbiotiques et symbiotiques ont coexisté au sein de groupes monophylétiques dans un arbre phylogénétique de gènes de base concaténés, ce qui donne à penser que la perte et/ou le gain de gènes de symbiose se sont produits dans l’histoire évolutive du genre bactérien. Nos données suggèrent que les populations de symbiontes associées aux légumineuses indigènes de l’Est du Canada abritent des souches élites de Bradyrhizobium pour l’inoculation du soja.