Le monoazide de propidium améliore la quantification par qPCR des spores dormantes viables du Plasmodiophora brassicae
Citation
Al-Daoud, F., Gossen, B.D., and McDonald, M.R. 2017. Propidium monoazide improves quantification of viable resting spores of Plasmodiophora brassicae with qPCR. Plant Dis. 101: 442–447. http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-05016-0715-RE.
Résumé en langage clair
Le Plasmodiophora brassicae, l’agent responsable de la hernie racinaire dans les cultures de brassicacées, persiste longtemps dans le sol sous forme de spores dormantes. Le test moléculaire souvent utilisé pour déterminer la concentration des spores dormantes ne distingue pas entre les spores viables (infectieuses) et non viables. L’étude visait à évaluer le traitement des spores au monoazide de propidium (PMA) pour exclure les spores non viables de ces dosages. Des spores provenant d’hernies immatures et matures ont été traitées thermiquement, puis leur viabilité a été évaluée à l’aide du test moléculaire avec et sans PMA et comparée aux résultats des essais biologiques. Les essais biologiques ont montré qu’avant le traitement thermique, la plupart des spores provenant d’hernies matures étaient infectieuses, que seule une petite proportion de spores provenant d’hernies immatures était infectieuse et que le traitement thermique tuait la plupart des spores. Le traitement thermique a produit peu ou pas de changement dans les concentrations de spores matures estimées par le test moléculaire sans PMA, mais a considérablement réduit les concentrations de spores estimées par le test avec PMA. Ainsi, le traitement au PMA a amélioré l’exactitude du test moléculaire. Pour faciliter l’application de l’analyse PMA-PCR au sol, nous proposons un protocole simple d’extraction des spores plus efficace que les protocoles standard à base de saccharose.
Résumé
Le Plasmodiophora brassicae, l’agent responsable de la hernie racinaire dans les cultures de brassicacées, persiste longtemps dans le sol sous forme de spores dormantes. On utilise souvent la réaction de polymérisation en chaîne quantitative (qPCR) pour déterminer la concentration des spores dormantes, mais cette méthode ne permet pas de distinguer l’ADN des spores viables de celui des spores non viables. Nous avons mené plusieurs expériences pour évaluer l’effet du prétraitement des spores au monoazide de propidium (PMA), qui inhibe l’amplification de l’ADN des micro organismes non viables. Les suspensions de spores provenant d’hernies immatures et matures ont été traitées à la chaleur, puis des analyses PMA-PCR et des essais biologiques ont été effectués pour évaluer la viabilité des spores. Avant le traitement thermique, les évaluations comparant la PMA PCR à la qPCR ont indiqué que la majorité des spores matures étaient amplifiées dans la PMA-PCR, ce qui indique que la plupart de ces spores étaient viables. Cependant, seule une petite proportion (<26 %) de spores immatures a été amplifiée. Les essais biologiques ont montré que la maladie était beaucoup plus grave chez les plantes inoculées avec des spores matures que chez celles inoculées avec des spores immatures. Le traitement thermique n’a produit que peu ou pas de changement dans les concentrations de spores matures estimées par qPCR, mais les concentrations de spores estimées par PMA PCR et la gravité de la maladie dans les essais biologiques ont été considérablement réduites. Les concentrations de spores estimées par PMA PCR étaient beaucoup moins cohérentes pour les spores immatures. Pour faciliter l’application de l’analyse PMA-PCR au sol, nous proposons un protocole simple d’extraction des spores plus efficace que les protocoles standard à base de saccharose.